使用bash命令進行文件轉換

我在同一目錄中有很多文件，並且想要使用bash命令（.sam至.bam）將它們轉換爲另一個文件。我用bash寫了這個小命令。它工作正常，但問題是所有生成的文件將具有相同的名稱，因此相互替換，最後我只有一個文件。你知道我怎樣才能改變這個命令，使得我分別爲每個.sam文件獲得.bam文件？使用bash命令進行文件轉換

BAM_OUTDIR="bam_files" 
SAM_INDIR="sam_files" 

ls -1 ${SAM_INDIR}/*.sam | while read file; do 

    echo "conversion of sam to bam started ..................." 
    dn=$(dirname "$file"); 
    output="${BAM_OUTDIR}/alignment.bam"; 
    samtools view -Sb "${file}" > "${output}" 
done

來源

2017-08-10 john

我想你想改變文件擴展名。文件對話是一個不同的動作（意味着改變數據結構） – reporter

我認爲問題在這裏：output =「$ {BAM_OUTDIR} /alignment.bam」; – john

我不使用bash fimliar，但多年來的UNIX管理員給了我一個例子來改變文件的換行符（Unix的取勝，反之亦然）：

for i in `ls *.conf` 
do 
    unix2dos <$i >$i.new 
done

所以這裏假設方式：

for i in `ls ${SAM_INDIR}/*.sam` 
do 
    samtools view -Sb <$i >${BAM_OUTDIR}/$i.bam 
done

來源

2017-08-10 09:10:59 reporter

你也可以試試這個：

BAM_OUTDIR="bam_files" 
SAM_INDIR="sam_files" 

ls -1 ${SAM_INDIR}/*.sam | while read file; do 

    echo "conversion of sam to bam started ..................." 
    dn=$(dirname "$file"); 
    new_bn=$(basename "$file" | sed s%sam$%bam%); 
    output="${BAM_OUTDIR}/$new_bn"; 
    samtools view -Sb "${file}" > "${output}" 
done

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2017-08-10 10:15:20 tealc

BAM_OUTDIR="bam_files" 
SAM_INDIR="sam_files" 
for file in $SAM_INDIR/*.sam; do 
    echo "conversion of sam to bam started ..................." 
    base=$(basename $file); 
    samtools view -Sb "${file}" > "${BAM_OUTDIR}/${base%.sam}.bam" 
done

而不是解析輸出LS - don't parse the output of ls - 這使用shell globs遍歷$ SAM_INDIR中的所有* .sam文件。然後它使用中間變量base來保存傳入文件名，而不包含$ SAM_INDIR部分。然後samtools命令將輸出重定向到$ BAM_OUTDIR中的文件，該文件通過從基文件名末尾刪除「.sam」命名，然後附加「.bam」。

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2017-08-10 11:08:04

使用bash命令進行文件轉換

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