2015-02-11 44 views
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我想知道如何將R腳本轉換爲HTML報告(從使用knitr的聲音中可以看出來)。如果可能的話,我想這樣做沒有使用RStudio。R腳本到與knitr的HTML。完整的基礎知識

說我有下述R腳本

#Load librarys + initilisation calculations 
#User shouldn't see the next 2 lines 
library(foo) 
set.seed(42) 

#User will see the next 3 lines 
print("This is some text to describe what the user is about to see") 
head(mtcars) 
boxplot(mtcars$mpg~mtcars$cyl) 


#Not shown to user: 
numbers <- runif(100) 
moreNumbers <- rnorm(100) 
group <- c(rep("a",100), rep("b",100)) 
df <- data.frame(c(numbers, moreNumbers), group) 
names(df) <- c("ExampleData", "g") 


#Show to user 
t.test(df$ExampleData~df$g)  

我試過有在互聯網一看,感覺好像所有的步驟都只是有點太超前了什麼,我明白了。

我是否需要製作另一個R腳本,其中包含調用上述腳本的stitch()/knit()函數?

謝謝,

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你不需要Rstudio使用knitr。見http://rmarkdown.rstudio.com/ – Jeff 2015-02-11 02:12:12

回答

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請在您的R腳本上撥打knitr::spin()。或者等價地,單擊RStudio工具欄上的notebook button

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這實際上非常接近!如果需要,是否有辦法抑制代碼行輸出? – testuser 2015-02-11 03:28:04

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@testuser是的,你可以照常使用塊選項,並且語法有點不同,例如'#+ results ='hide',eval = TRUE'請參閱我在答案中包含的鏈接。 – 2015-02-11 12:24:28

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您關於製作另一個腳本的問題的答案是否定的。你需要做的是knit("your_script.R")或任何它被稱爲。但首先,您必須使其符合knitr慣例。有許多示例文件here,您可以使用它們來使事情正確。

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所以它基本上只需要重新格式化「your_script.R」? – testuser 2015-02-11 02:22:57

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你只需要編輯它。看看鏈接,在演示下,然後是最簡單的例子。每個代碼塊都有一個標題行,它告訴'knitr'做什麼,顯示或不顯示,以及其他許多選項。修復上面的腳本只需幾分鐘。如果你想把html作爲你的輸出,你應該用'.Rmd'擴展名來命名你的腳本,這樣'knitr'就會自動創建html。 – 2015-02-11 02:25:10

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更正:對於html輸出使用'script.Rhtml'。見'編織'。 – 2015-02-11 02:35:18