如何從R中的矩陣創建邊列表？

的關係被表示爲矩陣x這樣的：如何從R中的矩陣創建邊列表？

 A B C  D 
A  0 2 1  1 
B  2 0 1  0 
C  1 1 0  1 
D  1 0 1  0

的條目指它們的連接的數量。任何人都可以告訴我如何寫它作爲邊緣列表？謝謝！我正在考慮把它寫爲邊緣名單，如：

A B 
A B 
A C 
A D 
B C

但是，這是新銳榜的權利，如果我想創建一個網絡陰謀？謝謝！

來源

2012-11-02 user1787675

使用igraph包：

x <- matrix(c(0,2,1,1,2,0,1,0,1,1,0,1,1,0,1,0), 4, 4) 
rownames(x) <- colnames(x) <- LETTERS[1:4] 

library(igraph) 
g <- graph.adjacency(x) 
get.edgelist(g) 

#  [,1] [,2] 
# [1,] "A" "B" 
# [2,] "A" "B" 
# [3,] "A" "C" 
# [4,] "A" "D" 
# [5,] "B" "A" 
# [6,] "B" "A" 
# [7,] "B" "C" 
# [8,] "C" "A" 
# [9,] "C" "B" 
# [10,] "C" "D" 
# [11,] "D" "A" 
# [12,] "D" "C"

我也建議你花一些時間在http://igraph.sourceforge.net/index.html閱讀igraph的文檔，因爲你的很多問題，最近都是簡單的例子用法。

（作爲獎勵，plot(g)會回答您的其他問題How to plot relationships in R?）

來源

2012-11-02 23:10:33 flodel

非常感謝您的幫助！我正在閱讀您現在推薦的文件。 – user1787675

嘗試在reshape2使用melt這

M <- matrix(c(0,2,1,1,2,0,1,0,1,1,0,1,1,0,1,0), 4, 4, dimnames=list(c("A","B","C","D"), c("A","B","C","D"))) 

eList <- NULL 
for (i in 1:nrow(M)){ 
    for (j in 1:ncol(M)) { 
    eList <- c(eList, rep(paste(dimnames(M)[[1]][i], dimnames(M)[[2]][j]), M[i,j])) 
    } 
}

輸出

> eList 
[1] "A B" "A B" "A C" "A D" "B A" "B A" "B C" "C A" "C B" "C D" "D A" "D C"

來源

2012-11-02 23:11:29 bnjmn

您的解決方案反之亦然？我的意思是，如果我們有一個邊界列表，並希望通過你的方式將其轉換爲鄰接矩陣？ – minoo

，然後刪除重== 0。如果不需要打印重量。只是刪除它。

x 
    sample1 sample2 sample3 sample4 
feature1  0  2  1  1 
feature2  2  0  1  0 
feature3  1  1  0  1 
feature4  1  0  1  0 

melt(x) 
    Var1 Var2 value 
1 feature1 sample1  0 
2 feature2 sample1  2 
3 feature3 sample1  1 
4 feature4 sample1  1 
5 feature1 sample2  2

來源

2014-07-01 00:58:34

如何從R中的矩陣創建邊列表？

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