升級包在R：`update.packages`與`install.packages`

我試圖加載party庫，並得到了以下錯誤：升級包在R：`update.packages`與`install.packages`

Loading required package: zoo 
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
    namespace ‘lattice’ 0.20-24 is already loaded, but >= 0.20.27 is required 
Error: package ‘zoo’ could not be loaded

所以我決定更新中的所有包同一個會話（detach all packages while working in R），包括lattice，希望zoo然後party一旦lattice進行更新，然後將正確加載：

pkgs <- names(sessionInfo()$otherPkgs) 
pkgs <- paste('package:', pkgs, sep = "") 
lapply(pkgs , detach, character.only = TRUE, unload = TRUE) 
update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE, 
       repos="http://r-forge.r-project.org", 
       oldPkgs=c("lattice","zoo","party") 
)

它沒有工作（在同一會話中和重起後無覆蓋UT預壓.RData）：

> library(party) 
Loading required package: zoo 
    Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
    namespace ‘lattice’ 0.20-24 is already loaded, but >= 0.20.27 is required 
    Error: package ‘zoo’ could not be loaded

根據How to update R2jags in R?，最好僅僅需要在我想更新這些軟件包install.packages，然後重新啓動。事實上它的確有竅門。

所以，這裏的問題是：什麼時候update.packages要求，鑑於運行會話內的更新是脆弱的至少可以說，並install.package將執行的代價是重新啓動會話？我缺少什麼R包管理voodoo？謝謝。

來源

2014-07-06 user2105469

這是我更喜歡在當前工作R會話之外啓動「安裝」和「更新」操作的另一個原因。

通過使用命令行，我得到沒有加載包的新鮮R會話，並且不會出現您在此遇到的問題。作爲快捷方式，我使用littler（並且包含在該軟件包的examples/目錄中）定義腳本update.r和install.r，但您當然也可以通過Rscript執行相同的操作。

來源

2014-07-06 16:24:41

德克提供了一個更通用的策略來避免這個問題。但是，如果您處於不想重新啓動的交互式會話中，並且您想要卸載需要更新的程序包（既不能執行detach(.)-或update.packages(.)-有效實現），也會有一個函數unloadNamespace通常適合我。在其幫助頁面有警告說這不是完全安全的，但我沒有遇到困難。試試：

unloadNamespace("lattice") # or lapply()-ing as you attempted with `detach` 
update.packages("lattice") 
require(lattice) # or library()

來源

2014-07-06 18:34:06

升級包在R：`update.packages`與`install.packages`

回答

相關問題