如何更改sqlite在Ubuntu Linux R上創建etilqs文件的臨時文件夾？

我在Ubuntu上運行R中的sqldf來從一個大數據表中選擇某些ID，並且該進程根據inotifywait監視文件更改在/ var/tmp下創建臨時etilqs文件。但是，我的/ var/tmp在一個小磁盤上，偶爾會導致R出錯。我發現一個thread關於如何更改Windows上的sqlite的臨時文件夾位置，但我無法弄清楚如何使它在Linux下工作。如何更改sqlite在Ubuntu Linux R上創建etilqs文件的臨時文件夾？

library(sqldf) 
customer_extr <- sqldf("select b.*, a.year, a.name from product as b left join customer as a on a.ID = b.ID", dbname = "/home/userName/customer.db")

在我看來，在下列順序進行臨時文件存儲位置sqlite的搜索目錄（不是臨時文件（），我可以選擇創建選擇TMPDIR文件=）：

通過PRAGMA temp_store_directory或由sqlite3_temp_directory全局變量設置的目錄
的SQLITE_TMPDIR環境變量
TMPDIR環境變量
/var/tmp中
在/ usr/tmp目錄
/tmp目錄
當前工作目錄（「」）

我嘗試了一些選擇，但他們都不似乎工作：

集temp_store_directory：

con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname = "/home/userName/customer.db") 
dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store_directory = '/mnt/tmp'")

級但這樣的錯誤了：

Error in rsqlite_send_query([email protected], statement) : basic_string::resize

目前，temp_store_directory不檢查

Sys.getenv('temp_store_directory')

運行R之前，設置後，我設置環境變量所需的臨時文件夾：到/ mnt/tmp目錄：
```
export SQLITE_TMPDIR=/mnt/tmp 
export TMPDIR=/mnt/tmp 
```
我驗證了這一點已成功設立
```
echo $SQLITE_TMPDIR 
echo $TMPDIR 
```
在Linux下，
```
Sys.getenv('SQLITE_TMPDIR') 
Sys.getenv('TMPDIR') 
```
在R.

但是，我sqldf一步還是寫etilqs文件到/ var/tmp中。
我試圖運行
```
dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store = 2") 
```
指示sqlite的保存在內存中的臨時文件。但是，它仍然將etilqs文件寫入/ var/tmp。
我想過爲/ var/tmp創建一個指向/ mnt/tmp的符號鏈接，但要這麼做，我認爲我必須首先刪除文件夾/ mnt/tmp。這是不理想的，因爲它是共享的Linux服務器，並且/ mnt/tmp的磁盤有時會被卸載。我不確定這是否會給其他應用程序和用戶帶來麻煩。

我不知道如何檢查/改變sqlite3_temp_directory全局變量R.

這是我的會議信息：

> sessionInfo() 
R version 3.3.2 (2016-10-31) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C 
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8 
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C 
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C 
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1 gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] DBI_0.5-1  memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8 digest_0.6.10 chron_2.3-47

我可以試試我的操作系統磁盤升級到更大的驅動器，但沒有一種方法可以告訴Linux下的R中的sqlite在其他地方寫入臨時文件？任何建議將不勝感激！

來源

2017-01-18 smz

'basic_string的:: resize'是不是一個錯誤消息。 'temp_store_directory'不是一個環境變量;你可以通過執行查詢'PRAGMA temp_store_directory'來讀取它。無論如何，你想使用的實際目錄是什麼？你能從R訪問它嗎？ –

我運行了'PRAGMA temp_store_directory'，它返回空白。但我無法將其設置爲不同的值（路徑）。我想要使用的實際目錄位於第二個硬盤驅動器/ mnt/tmp上。是R可以訪問它。 ''basic_string :: resize'發生並停止了R，當OS磁盤空間耗盡時，由sqldf在/ var/tmp中創建了大量臨時文件。 – smz

你可以得到R來使用不同的臨時目錄，它尊重環境變量的幾個設置：

[email protected]:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'    # default 
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL" 
[email protected]:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())' # overridden 
[1] "./RtmpsJk2lP" 
[email protected]:~$

我們將與RSQLite的來源和/或sqldf包看看，看看他們是否使用他們自己的設置，或從R拿走它。如果是後者，正如我懷疑至少sqldf那麼你有辦法。

但是千萬要記得設置TMPDIR（或類似）開始R. 前

來源

2017-01-19 18:26:43

這工作！謝謝！我不知道我需要將變量放在R的同一行。當我先導出TMPDIR = .'時，它不適用於我，然後運行'R'。由於某些未知的原因，'sqldf'仍然使用'/ var/tmp'來保存臨時文件。 – smz

這是一個shell公約。你也可以通過R在啓動時讀取的文件設置環境變量，參見'help（啓動）'。 –

如何更改sqlite在Ubuntu Linux R上創建etilqs文件的臨時文件夾？

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