我可以使用python創建cytoscape應用程序嗎？

我想創建一個用於分析蛋白質相互作用的新Cytoscape的應用，但我不知道我是否可以使用蟒蛇或只是的Java。我可以使用python創建cytoscape應用程序嗎？

2017-06-18 layesim

像這樣的問題是這個網站的焦點話題。詢問前請閱讀[問]。 –

歡迎來到stackoverflow.com。請花些時間閱讀[幫助頁面]（http://stackoverflow.com/help），尤其是名爲「[我可以在這裏詢問什麼主題？]（http://stackoverflow.com/help/on -topic）「和」[我應該避免詢問什麼類型的問題？]（http://stackoverflow.com/help/dont-ask）「。也請[參觀]（http://stackoverflow.com/tour）並閱讀[如何提出好問題]（http://stackoverflow.com/help/how-to-ask）。最後，請學習如何創建[最小，完整和可驗證示例]（http://stackoverflow.com/help/mcve）。 – ArturFH

偉大的問題。這是在這個論壇的範圍內。

答案是「視情況而定」。 Cytoscape應用程序本身必須是Java（或者運行在JVM中的東西，儘管只有Java的文檔支持，論壇會給出Java的最佳建議）。然而，Cytoscape Cyberinfrastructure（CI）允許基於Python的服務（例如Diffusion服務）被Cytoscape應用程序（例如Diffusion應用程序）調用。該服務必須部署在Web上某處（例如，在Kubernetes羣集中）。

如果您需要該路線的幫助，您會發現熱心的支持...請直接在googlegroups.com論壇上通過電子郵件發送cytoscape-app-dev。

來源

2017-08-03 23:53:03

你有任何關於這個應用程序的開發與java的想法 – layesim

是的......這是一個兩部分的主張。首先，根據Cytoscape App Ladder（http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/AppDeveloper/Cytoscape_App_Ladder）中列出的步驟創建一個最小的Java應用程序。其次，創建一個可調用的Web服務（對於基於Python的服務使用cxmate ...，請使用https://github.com/cxmate/cxmate-py）。讓Java應用程序對服務進行REST調用（https://stackoverflow.com/questions/3913502/restful-call-in-java）。 –

謝謝，我想添加不同的聚類算法以編碼cytoscape應用程序的源代碼 – layesim

我可以使用python創建cytoscape應用程序嗎？

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