Python的牀模塊

Question

我需要創建帶有此功能的牀模塊：

readBed（文件）-read一個BED格式文件，並從它包含的數據構建模型的基因對象的列表。

writeBed（模型=模型，FNAME =文件） - 寫入基因模型對象的定列表，並將其寫入到一個文件名爲FNAME。

對於readBed，我在想，我以前寫的readline功能，並添加代碼爲它的結果返回一個列表。對於writeBed，我真的很無能。這裏是我的代碼，請指導我大家：

def ReadBed(file): 
    result = [] 
    line = fh.readline() 
    if not line: 
     fh.close() 
    else: 
     return result 

def writeBed(models=models, fname=file): 
    if file.ReadBed = result 
    return result in fname 

另外，我有一個Range類這樣的，我想提出的TypeError和ValueError異常對我的課，但不知道如何做到這一點，每個人都可以請也幫助我。非常感謝大家：

class Range: 
    def __init__(self, start, end): 
    self.setStart(start) 
    self.setEnd(end) 
    def getStart(self): 
    return self.start 
    def setStart(self, s): 
    self.start = s 
    def getEnd(self): 
    return self.end 
    def setEnd(self, e): 
    self.end = e 
    def getLength(self): 
    return len(range(self.start, self.end)) 
    def overlaps(self, r): 
    if (r.getStart() < self.getEnd() and r.getEnd() >= self.getEnd()) or \ 
     (self.getStart() < r.getEnd() and self.getEnd() >= r.getEnd()) or \ 
     (self.getStart() >= r.getStart() and self.getEnd() <= r.getEnd()) or \ 
     (r.getStart() >= self.getStart() and r.getEnd() <= self.getEnd()): 
     return True 
    else: 
     return False 

Answer 1

在不知道數據被保存到文件格式，我只能假定它正在pickled。考慮到這樣的假設，我可以給你下面的代碼：

import cPickle 

def readBed(filepath): 
    with open(filepath, 'r') as f: 
     data = cPickle.load(f) 
     return data 

def writeBed(models, filepath): 
    with open(filepath, 'w') as f: 
     cPickle.dump(models, f) 

Answer 2

我將從Range類開始。首先，你不應該使用get/set方法，而應該使用變量。在python中獲取/設置方法幾乎總是不好的做法。即使你需要驗證，你也可以使用屬性。

如果您使用的Python 2.x中，你需要從object繼承獲得新的樣式類。如果你使用py3k，你不需要聲明它。在python

方法和函數名稱應該是like_this而非likeThis（按照約定）。

做類似if bool: return True else: return False的東西總是可以簡化爲return bool，這樣可以使您的重疊方法簡單得多。如果你稍微思考一下它的邏輯，你的比較變得容易得多：對於兩個範圍重疊，必須在另一個範圍之前開始，並且也必須在另一個範圍開始之後結束。

對於您的BED功能，您是否嘗試過運行它們？發生了什麼？確保查看你在函數中使用的變量以及你在哪裏定義它們。您還應該看看with聲明，這是打開文件時常用的語句。它提供了安裝和拆卸的鉤子，並且製作了文件句柄，以便它們拆卸下來。嘗試使用它，它也應該使邏輯更清晰一點。

class Range(object): 
    def __init__(self, start, end): 
     self.start = start 
     self.end = end 

    def __len__(self): 
     """This allows you to do len(Range object).""" 
     return self.end - self.start + 1 

    def overlaps(self, other): 
     if self.start < other.end: 
      return self.end > other.start 
     if other.start < self.end: 
      return other.end > self.start