R中繪製網絡（控制邊緣厚度加上非重疊邊緣）

Question

我需要繪製網絡與5個節點和20個向邊（邊緣連接各2個節點），使用R，但我需要兩個特徵存在：

1. 爲了能夠控制每個邊緣的厚度。
2. 邊緣不被重疊的（即，邊緣形式A到B不繪製在邊緣從B到A）

我花小時尋找一個解決方案，並試圖許多軟件包，但總是有問題。

有人可以提出一個解決方案，並儘可能提供一個完整的例子嗎？

很多預先感謝。

Answer 1

如果可以彎曲線條，那麼我知道兩種方法。首先，我創建EdgeList都：

Edges <- data.frame(
    from = rep(1:5,each=5), 
    to = rep(1:5,times=5), 
    thickness = abs(rnorm(25))) 

Edges <- subset(Edges,from!=to) 

這包含原點的在第一列在所述第二和重量在第三節點，目的地節點。你可以使用我的pacake qgraph來繪製一個加權圖。

library("qgraph") 
qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE) 

但是這個包是不是真的用於這一目的，你不能改變的邊緣顏色（但，工作：在默認情況下，如果有兩個節點之間的多條邊的邊緣是弧形在上面：） ）。你只能讓所有邊緣黑色小竅門：

qgraph(Edges,esize=5,gray=TRUE,minimum=0,cut=.Machine$double.xmin) 

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更多的控制，你可以使用的igraph包。首先我們製作圖表：

library("igraph") 
g <- graph.edgelist(as.matrix(Edges[,-3])) 

請注意轉換爲矩陣並減去1，因爲第一個節點爲0。接下來，我們定義佈局：

l <- layout.fruchterman.reingold(g) 

現在我們可以改變一些邊緣參數與E()功能：

# Define edge widths: 
E(g)$width <- Edges$thickness * 5 

# Define arrow widths: 
E(g)$arrow.width <- Edges$thickness * 5 

# Make edges curved: 
E(g)$curved <- 0.2 

最後繪製的圖形：

plot(g,layout=l) 

Answer 2

雖然沒有專門的答案，我會建議使用Cytoscape來生成網絡。

您可以使用RCytoscape將其自動化。 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCytoscape.html

Answer 3

該信息包名爲'網絡'可以很好地繪製定向網絡，並處理您的問題。

ex.net <- rbind(c(0, 1, 1, 1), c(1, 0, 0, 1), c(0, 0, 0, 1), c(1, 0, 1, 0)) 

plot(network(ex.net), usecurve = T, edge.curve = 0.00001, 
    edge.lwd = c(4, rep(1, 7))) 

的edge.curve參數，如果設置非常低，並且與usecurve = T結合，分離邊緣上，雖然可能會有這樣做的更直接的方式，和edge.lwd可以採取矢量作爲其不同大小的論據。我承認，這並不總是最好的結果。但是，獲得可以通過多種不同方式定製的體面外觀網絡圖很容易（請參閱？network.plot）。

Answer 4

邊緣上的'不重疊'約束是大問題在這裏。首先，你的網絡必須是'平面的'，否則在二維中是不可能的（你不能把三個房子連接到沒有交叉的天然氣，電力和電話公司建築物）。

我認爲平面圖佈局算法本質上解決了4色問題。玩得開心。存在啓發式方法，搜索平面圖形佈局，並強制執行，並閱讀Planar Graph Layouts