如何使用R繪製維恩圖

我想比較3個列表，並繪製維恩圖。在獲得的維恩圖中，我將在交叉點中顯示不是數字，而是ID。我需要在R中這樣做，但我真的不知道如何。你能幫我嗎？這是我的代碼。它可以工作，但只顯示數字，我會將「條款」顯示爲交叉點

 set1 <- unique(goterm1) 
     set2 <- unique(goterm2) 
     set3 <- unique(goterm3) 

     require(limma) 
     Diagram <- function(set1, set2, set3, names) 
     { 
    stopifnot(length(names) == 3) 
     # Form universe as union of all three sets 
     universe <- sort(unique(c(set1, set2, set3))) 
     Counts <- matrix(0, nrow=length(universe), ncol=3) 
     colnames(Counts) <- names 
     for (i in 1:length(universe)) 
     { 
     Counts[i,1] <- universe[i] %in% set1 
     Counts[i,2] <- universe[i] %in% set2 
     Counts[i,3] <- universe[i] %in% set3 
     } 

     vennDiagram(vennCounts(Counts))} 

     Diagram(set1, set2, set3, c("ORG1", "ORG2", "ORG3")) 
     Venn

來源

2013-10-19 Jack

的venneuler包應該能夠幫助你;如果不是VennDiagram包是更可定製的。儘管如此，您很可能必須先計算出您感興趣的比例。 –

謝謝你，我已經嘗試過沒有結果。但是我沒有看到任何好的例子來學習它。 – Jack

現在你需要發佈'dput（goterm1）; dput（goterm2）; dput（goterm2）' –

您也可以用limma來完成該專長。看下面的例子。

這個想法基本上與您發佈的代碼完全相同，但它沒有被包裝到一個函數中（因此可能稍微容易調試）。

你是否使用下面的代碼工作？如果沒有，請發佈您獲得的可能的錯誤消息和警告。

# Load the library 
library(limma) 

# Generate example data 
set1<-letters[1:5] 
set2<-letters[4:8] 
set3<-letters[5:9] 

# What are the possible letters in the universe? 
universe <- sort(unique(c(set1, set2, set3))) 

# Generate a matrix, with the sets in columns and possible letters on rows 
Counts <- matrix(0, nrow=length(universe), ncol=3) 
# Populate the said matrix 
for (i in 1:length(universe)) { 
    Counts[i,1] <- universe[i] %in% set1 
    Counts[i,2] <- universe[i] %in% set2 
    Counts[i,3] <- universe[i] %in% set3 
} 

# Name the columns with the sample names 
colnames(Counts) <- c("set1","set2","set3") 

# Specify the colors for the sets 
cols<-c("Red", "Green", "Blue") 
vennDiagram(vennCounts(Counts), circle.col=cols)

的代碼應該給類似的情節：

enter image description here

來源

2013-10-19 17:22:08

來自CRAN的'limma'包似乎不適用於R 3.1.1，但我使用它來工作使用 'source（「http://bioconductor.org /biocLite.R「）' 'biocLite（」limma「）' – emudrak

這個答案使用dev version of qdap的trans_venn功能。這是對我的工作流程有意義的venneuler package的包裝，但我認爲可以在此應用。

安裝dev version of qdap：

library(devtools) 
install_github("qdapDictionaries", "trinker") 
install_github("qdap", "trinker")

它應用到您的數據：

set1 <- letters[1:5] 
set2 <- letters[4:8] 
set3 <- letters[5:9] 

## reshapes the list of vectors to a data frame (unique is not needed) 
dat <- list2df(list(set1 = set1, set2 = set2, set3 = set3), "word", "set") 
trans_venn(dat$word, dat$set)

enter image description here

來源

2013-10-19 21:38:16

這可以使用我的[R包eulerr來完成，像這樣：

set1 <- letters[1:5] 
set2 <- letters[4:8] 
set3 <- letters[5:9] 

library(eulerr) 

plot(euler(list(A = set1, B = set2, C = set3)))

Imgur

來源

2017-03-12 10:32:45

如何使用R繪製維恩圖

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