2015-12-17 63 views
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有誰知道如何從(工作)目錄導入/上傳PNG圖像到RStudio Notebook腳本?我喜歡將它包含在筆記本的HTML輸出中。 Rmarkdown中的建議腳本(http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html)在Notebook中不起作用。如何將圖像上傳到RStudio Notebook?

下面是一些代碼,我已經使用/創建:

#' Plot pathways using the bioconductor *pathview* package. Five *.png images are placed in the working directory by default. 
>p <- pathview(gene.data=foldchanges, pathway.id=keggresids, species="hsa")) 
>str(p) 

的「STR(P)」的對數是(每個途徑的一種)的5列表中的每個由data.frame情節的.data.gene with 10 variables and a plot.data.cpd:NULL

可以使用路徑視圖小插曲的第3-6頁上的示例(https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf)。

由於圖像打印到工作目錄,因此它不會顯示在我的Notebook HTML中。有沒有辦法將圖像導回到文檔中,以便將其呈現到HTML文檔中?我不是在減價文檔中工作,而是在通過選擇筆記本圖標(或ctrl + shift + K)編譯成HTML筆記本的常規R腳本中,因此以下減價腳本將不起作用:

![imagename](/images/file.png) 

有什麼建議嗎?

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我只試了一下Rmarkdown建議,並沒有其他的想法 – plebeau

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請發表你至今嘗試過,因爲它並不清楚你所要求的。作爲一般的經驗法則,除了極少數例外情況外,如果需要執行,每個SO問題都應包含代碼和數據。幾乎肯定會由於缺少代碼而引發兩次降價。已添加代碼 –

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。謝謝邁克。 – plebeau

回答

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嗯,這是你想要的嗎?只需將一個PNG插入R markdown文件?

--- 
title: "Crab" 
output: html_document 
--- 

#![Here is a Crab](Crab.png) 

You can also embed plots, for example: 

```{r, echo=FALSE} 
plot(cars) 
``` 

enter image description here