DBSeqRecord無法在BioPython下使用BioSQL訪問註釋和功能

Question

在Ubuntu 12.10上運行Python 2.7，最新的BioPython和BioSQL。

我已經成功建立了基於MySQL的BioSQL服務器，並且我可以正確地將序列加載到系統中（或者它們看起來是正確的 - 在MySQL中正確填充表並且事情通常沒有錯誤）。

但是，當我通過'lookup'檢索時，我只能訪問DBSeqRecords的ID，名稱和描述。應該根據需求調用註釋和功能，但這會使事情崩潰。例如：

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqRecord.py", line 595, in __str__ 
    lines.append("Number of features: %i" % len(self.features)) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 516, in __get_features 
    self._primary_id) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/BioSQL/BioSeq.py", line 280, in _retrieve_features 
    feature.location = SeqFeature.FeatureLocation(start, end) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/SeqFeature.py", line 561, in __init__ 
    raise TypeError(start) 
TypeError: 0 

任何想法這裏發生了什麼？

Answer 1

本週我遇到了同樣的錯誤。

一個要素的開始和結束位置是從MySQL獲取的，類型爲long（不是int），但SeqFeature.py在實例化FeatureLocation時僅爲開始和結束使用int。我不知道在MySQL服務器，MySQLdb，BioSeqDatabase或SeqFeature中發生了什麼變化，以引發問題。

的biopython開發商希望一會能提供一個長期的解決方案，但這些都是暫時的修正建議：

• 試圖去通過BioSeqDatabase使用MySQLdb的連接，並改變與轉換行爲它的連接功能的conv關鍵字參數（我還沒有做到這一點）

• hack BioSeqDatabase，以便在從MySQL獲取值（我沒有這樣做）之後，start_pos和end_pos被轉換爲int，

• 對SeqFeature.py進行破解以允許在實例化FeatureLocation對象時使用長類型來開始和結束（這是我所做的）。更改此：

  if isinstance(start, AbstractPosition): 
      self._start = start 
  elif isinstance(start, int): 
      self._start = ExactPosition(start) 
  else: 
      raise TypeError(start) 
  if isinstance(end, AbstractPosition): 
      self._end = end 
  elif isinstance(end, int): 
      self._end = ExactPosition(end) 
  else: 
      raise TypeError(end) 
  

  這樣：

  if isinstance(start, AbstractPosition): 
      self._start = start 
  elif isinstance(start, int) or isinstance(start, long): 
      self._start = ExactPosition(start) 
  else: 
      raise TypeError(start) 
  if isinstance(end, AbstractPosition): 
      self._end = end 
  elif isinstance(end, int) or isinstance(end, long): 
      self._end = ExactPosition(end) 
  else: 
      raise TypeError(end)