重新排序列節點，同時保持樹狀

我已經生成使用heatmap.3此熱圖。聚類是基於樹形圖執行的，但爲了演示的目的，我想重新排列節點，使得在保持樹狀圖的同時保留深藍色並保持深紅色。我讀過有關重新排序： newdendro < -reorder（as.dendrogram（myclust（mydist（heatdata.scaled））），10：1，agglo.FUN = colSums）

但colSums（heatdata.scaled ）未存儲在樹狀圖中。我如何 1）使用colSums（heatdata.scaled）重新排序節點 2）在heatmap中調用此更新的樹狀圖。

來源

2016-05-30 sm002

你的問題是缺少一個自包含可重複的例子。所以我會使用mtcars數據。因爲我現在正在研究heatmaply包，所以我會給出一個使用它的答案（但是您可以將heatmaply更改爲所需的功能，並且代碼的工作原理也是一樣）。

# get data 
x <- mtcars 
# row dend: 
hc_r <- as.dendrogram(hclust(dist(x))) 
# col dend: 
hc_c <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x)))) 

# weights and reordering 
wts_r <- rowSums(x) 
wts_c <- colSums(x) # apply(x, 2, mean) 

hc_r <- rev(reorder(hc_r,wts_r)) 
hc_c <- reorder(hc_c,wts_c) 

x2 <- x[order.dendrogram(hc_r), 
     order.dendrogram(hc_c)] 

# plot 
library(heatmaply) 
heatmaply(x2, dendrogram = "none")

，我們得到以下美麗（和互動）劇情：

來源

2016-05-30 18:18:11

重新排序列節點，同時保持樹狀

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