作業數組腳本

Question

我想發送一個作業數組，但仍然不明白整個過程（新手，因爲我）。在網站上，我發現這個：

#!/bin/bash 
#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
# The 'myprog' below is serial hence no '-pe' option needed 

#$ -t 1-1000 
# ...tell SGE that this is an array job, with "tasks" numbered from 1 
# to 1000... 

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID 

糾正我，如果我錯了，數據已被索引SGE系統。但是，「.myprog」是什麼意思？是一個不同的bash腳本，它有真正的任務嗎？它保存在哪裏以及工作如何找到腳本？

Answer 1

通常myprog只是外部程序的通用名稱。在這種情況下，我會認爲這是做這項工作的程序。這可能是一個bash腳本，但它可以用任何語言編寫，包括C.

./myprog < data.$SGE_TASK_ID > results.$SGE_TASK_ID 

領先./表示程序（MYPROG）在當前目錄中找到。如果您願意，您可以用實際的目錄名稱替換.。

< data.$SGE_TASK_ID表示「myprog」輸入流（稱爲stdin或「標準輸入」）來自文件而不是鍵盤。文件名是單詞「數據」。接着是變量SGE_TASK_ID的值。領先的$爲我們提供了變量的價值。 *

> results.$SGE_TASK_ID是類似的，除了這是「myprog的」輸出流（稱爲stdout，或「標準輸出」）轉到文件，而不是終端屏幕。

• 編輯：我在這裏找到：http://www3.imperial.ac.uk/bioinfsupport/help/cluster_usage/submitting_array_jobs該變量設置在環境中。