數據中的行數與phyloglm中樹中的提示數量不匹配

我似乎無法看到我錯誤的地方。我現在用的是包phylolm做一些迴歸與進化數據數據中的行數與phyloglm中樹中的提示數量不匹配

我的模型沒有運行，返回錯誤：錯誤phyloglm(testVar ~ ...the number of rows in the data does not match the number of tips in the tree.

我所做的一切檢查，但在我的樹的種類和那些在我數據是匹配的。我的代碼是

diet<-read.csv("dat.csv",h=T,dec = ".") 
phy=read.nexus("ConsTree.tre")# the phylogenetic data 
keep.spp<-levels(diet$ScientificName) 
phylo<-drop.tip(phy,phy$tip.label[-match(keep.spp, phy$tip.label)]) 

setdiff(phylo$tip.label,diet$ScientificName)# this confirms that all is OK 
t1<-phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3, diet, phylo) 

t1<-phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3, diet, phylo, 
      method = c("logistic_MPLE","logistic_IG10","poisson_GEE"), 
      btol = 10, log.alpha.bound = 4, 
      start.beta=NULL, start.alpha=NULL, 
      boot = 0, full.matrix = TRUE) 

    # 
    Error in phyloglm(testVar~Var1+Var2+Var3,..the number of rows in the data does not match the number of tips in the tree.

任何人都可以指出我錯在哪裏？

來源

2017-07-20 Taw

aplogies爲失明這個小東西...... 我應該在我的數據，我改名row.names

row.names(diet)<-diet$ScientificName

來源

2017-07-20 14:01:19 Taw

數據中的行數與phyloglm中樹中的提示數量不匹配

回答

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