通過colname的子矩陣

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我有一個matrix與行和col名稱，並希望將其減少到submatrix某些行/ colnames。指定名稱的值爲~20的字符串向量，而矩陣的值爲55.000 rownames和805 colnames。我如何在R中有效地做到這一點？通過colname的子矩陣

IFNGenes = c('TIMM10','UBE2L6','MX1','IF16','IFI44L','IFIT3','ISG15','OAS1','RSAD2','IFI44','OAS3','DOX58','HERC5','BATF2','LIPA','RSAD2.1') 

subMatrix = theMatrix[,IFNGenes] 
Error in theMatrix[, IFNGenes] : subscript out of bounds

來源

2016-01-06 El Dude

怎麼樣一個小重複的例子？我想你可以使用'row/column'索引。 – akrun

代碼在上面，我試過並得到一個下標錯誤。難道一些基因不在名稱中？ –

如果我理解你的問題的權利，你正在尋找的東西是這樣的：

x <- matrix(1:100, 10) 
rownames(x) <- LETTERS[1:10] 
colnames(x) <- letters[1:10] 
x[c("C", "F", "A"), c("d", "b", "e")]

你也可以這樣做：

x[c("C", "F", "A"), c(4, 2, 5)]

如果使用rowname指數（同爲在矩陣中不存在，你會得到一個錯誤：

> x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)] 
Error in x[c("C", "F", "XX"), c(4, 2, 5)] : subscript out of bounds

你可以找到這樣indizes如下：

r <- c("C", "F", "XX") 
r[which(! r %in% rownames(x))]

爲你的數據，你必須測試：

IFNGenes[which(! IFNGenes %in% colnames(theMatrix))]

來源

2016-01-06 18:49:40 jogo

是的，我沒有意識到你可以在R中用整數和列/ rowname混合索引。 –

感謝jogo，我正在尋找哪個語句 –

通過colname的子矩陣

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