如果列匹配值，使用GSUB和打印值到另一列

輸入：

0.6  0.7 A:0.01 -  0 
C:0.01 0.1 -  0.2  0 
0.7  0.02 G:0.2 -  0 
0.5  0.23 0.1  T:0.05 0 
0.1  0.2 0.3  0.58 0

所以，如果一些列有一個值開始與ACT或GI想把它更改爲「0」或「 - 」和最後一列變更爲「W」（它是$ $ 34 $ 35 $ 36 $ 37 38）

OUTPUT：

0.6  0.7 0  -  W 
0  0.1 -  0.2  W 
0.7  0.02 0  -  W 
0.5  0.23 0.1  0  W 
0.1  0.2 0.3  0.58 0

我想用awk。

awk '{if($34=="^:^");gsub($34,"*","0") && gsub($38,"0","W"); else print}' file

對於其他列也是如此。謝謝。

來源

2016-02-19 Vonton

這個怎麼樣：

$ awk '{for(i=1;i<=4;i++){if ($i ~ /A:|C:|T:|G:/){$i=0; $NF="W"}}}1' file | column -t 
0.6 0.7 0 -  W 
0 0.1 - 0.2 W 
0.7 0.02 0 -  W 
0.5 0.23 0.1 0  W 
0.1 0.2 0.3 0.58 0

在一個更可讀的格式：

$ awk '{ 
      for(i=1;i<=4;i++) {   # Loop through the fieds 
      if ($i ~ /A:|C:|T:|G:/) { # If current field matches pattern 
       $i=0     # Replace it with zero 
       $NF="W"    # And make the last field a 'W' 
      } 
      } 
     }1' file | column -t

如果你想將其限制在特定的列，可以使用數組：

awk '{c="1,3";split(c,cols,/,/);for(i in cols){if ($cols[i] ~ /A:|C:|T:|G:/){$cols[i]=0; $NF="W"}}}1' file | column -t

來源

2016-02-22 10:49:35 user000001

大約是這樣的：

awk -v OFS="\t" '{if (gsub(/G:|C:|A:|T:/, "0")) print $1,$2,$3,$4,"W"; else print $0}'

，然後替換值strarting 00到零。

來源

2016-02-19 13:40:52 Paul

AWK -v OFS = 「\ t」的「{如果（GSUB（/ G | C：| A：| T：/，「@」））打印$ 1 ，$ 2，$ 3，$ 4 $ 5，「W」;否則打印$ 0}'erase.txt | awk'BEGIN {FS = OFS =「\ t」} {for（i = 1; i <= NF; i ++）if（$ i〜/ @ /）$ i = 0}; 1' – Paul

如果你不在意間距：

$ awk 'gsub(/[ACGT][^[:space:]]+/,0){$NF="W"}1' file 
0.6 0.7 0 - W 
0 0.1 - 0.2 W 
0.7 0.02 0 - W 
0.5 0.23 0.1 0 W 
0.1  0.2 0.3  0.58 0

如果這樣做：

$ awk 'gsub(/[ACGT][^[:space:]]+/,0){$NF="W"}1' file | column -t 
0.6 0.7 0 -  W 
0 0.1 - 0.2 W 
0.7 0.02 0 -  W 
0.5 0.23 0.1 0  W 
0.1 0.2 0.3 0.58 0

來源

2016-02-22 14:44:47

如果列匹配值，使用GSUB和打印值到另一列

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