Crop Dicom系列

Question

我需要裁剪Dicom系列，並將結果再次保存爲Dicom系列，以保留有關位置的信息。我的問題是類似DICOM File compression但不幸的是所有的答案都對壓縮和未裁剪。

另一個問題是原始系列很大，我無法在我的計算機的內存中加載它（但如果需要，我可以使用Unix服務器進行計算）。

我嘗試過使用ITK：我在複製之前使用cropimageFilter複製了示例DicomSeriesReadSeriesWrite.cxx（在ITK軟件指南中描述）。的問題是，使用指令

seriesWriter->SetMetaDataDictionaryArray(reader->GetMetaDataDictionaryArray()); 

在結果圖像位置的第三維（0020,0037）總是被設置爲0。如果我評論該指令，圖像的位置是正確的，但是圖像編號（0020 ，0013）和SliceLocation（0020,1041）都沒有了，結果系列不會在一些軟件作爲Osirix加載。

我也試過使用Dicom2（http://www.barre.nom.fr/medical/dicom2/）。同樣，圖像裁剪精細，但是元數據並不一致（它們只是一樣的原始圖像）。

我嘗試過使用Amira，但除了內存問題，保存裁剪數據的過程如同dicom忽略原始dicom標籤（例如圖像位置爲[-1。＃ND/-1。＃ND/- 1.＃ND]，還有其他標記爲「系列日期」更改）。

Answer 1

由於您知道標籤的原始值以及圖像如何被裁剪，因此可以在保存dicom文件之前將標籤修改爲正確的值。