1. 首頁
  2. 問答
  3. 可變字符串轉換與sed

可變字符串轉換與sed

2017-02-28 53 views
2

我想根據上下文與sed轉換一個變量字符串。可變字符串轉換與sed

string="GAGGTGGGTGGGGAGC" 
echo $string | sed -r 's/G+([AT])/A+\1/g'

結果是：A+AA+TA+TA+AGC。但我預計：AAAATAAATAAAAAGC

換句話說，我想用一個A或T代替一個未知的Gs片段。我們如何恢復匹配的模式的Gs數量以重用它在替代模式？

來源

2017-02-28 retrogenomics

+2

'。不幸的是，sed不支持lookaround。 –

+0

很棒！謝謝。對於記錄，要使用的命令行是：'echo $ string | perl -pe's/G（？= G * [AT]）/ A/g' – retrogenomics

+0

請注意，在這種情況下，建立一個小型狀態機來解析是很簡單的。如果您需要處理大量數據並定期執行此操作，則可能需要付出額外的努力。另外，如果你有很多字符串需要處理，一定要將它們作爲流傳遞給sed，而不是每次處理一個字符串都調用sed，這會大大減慢處理速度。 – Fred

回答

3

隨着SED，使用反向引用和t（測試）命令循環在進一步替換命令的開始，如果置換成功：

$ sed ':a;s/G\([AT]\)\(.*\)/A\1\2/;ta;' <<< "GAGGTGGGTGGGGAGC" 
AAAATAAATAAAAAGC

它是如何工作的：

  • :a： a即將到來的循環標籤
  • s：替代命令
  • G\([AT]\)：搜索G，然後是A或T。第二個字母被捕獲，並且將在替換字符串使用反向引用
  • \(.*\)使用：捕獲剩餘的字符
  • A\1\2：與A接着先前捕獲的字符串（A或T和剩餘的字符）
  • ta取代：如果先前的替代使用`perl`，你可以使用一個像`s/G（？= G * [AT]）/ A/g這樣的正則表達式來代替腳本來檢查腳本的進一步替換

來源

2017-02-28 10:24:49 SLePort

+0

它運作良好，但你能解釋背後的邏輯嗎？ – retrogenomics

+0

請參見[用't'測試]（http://www.grymoire.com/Unix/Sed.html#uh-59）。 –

+0

@retrogenomics我添加了一些解釋。 – SLePort

相關問題

 相關問題