正則表達式查找和替換：bash的變量內的sed

我想刪除該序列存在時在該行的開頭：正則表達式查找和替換：bash的變量內的sed

ATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG跟隨有至少3個所述的字符。

應刪除序列和多個A，並保留文件的其餘部分。

我輸入文件看起來像這樣：

@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:18115:1962 1:N:0:2 
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACATTTTCTTTCTTACTTCGTTCACTTTCCACTTCTTTCTCCCTATCTTCCCCCTTCTGTCTGCCCCAGCTGTCTATCCCACTTATTGTCTCCCCCCACTGCCCCACACTCCTACCTTCTTCATCTTCACCTAACACCTCCCGCTCCCTCCTTATCGTCTCTTATCCTTTCCTTGTTCC 
+ 
????????DDDDDDDDGGGGGGHHIIIIHHHIIIIFHIIIH/CGFHHIIIIHEDHHIIIIHI=5EEGFEHHEC+5,,[email protected],@,,....--..+77,,.6..6.....7.4..7.76=..-5.>.4-)134-.5....-3*))0***1*********10*0**01*1*)''..0***.)0'))*****00*11******01***0****0*)**0)'''...*0)0*11********1****1*0******** 
@M00946:3:000000000-A2WF2:1:1101:19888:2900 1:N:0:2 
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACACAAATACCGTTCCAATATCTTTTTGTTTCATGTCTAATAAC 
+ 
<<??????BB?BBBBBCAFFFCFHF;>EFCDFGFFHFBGHCA=FHA>EFGEE7CF>F?FFHB=?EEGF>>DH5<)++,++,4,,4+=:,,,,5,,,,,,,,),33?,3,3,3,,,,33

我試圖用腳本replace.sh它看起來像這樣

file=$1; 
adapter_sequence=$2; 
sed -r "s/${adapter_sequence}A{3}//" $file

命令行：

./replace .sh file.fastq GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTGACCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG

它二d不工作。任何腳本語言的幫助將不勝感激。

來源

2013-10-16 Perlnika

我相信你有$1,$2倒過來。有這樣的：

adapter_sequence=$2 
sed "s/$adapter_sequence//" $1

在理想情況下，我想刪除所有接頭序列開始在一行的開頭，然後至少三個A 字母，

試試這個sed：

sed -r "s/^${adapter_sequence}A{3,}//" file

來源

2013-10-16 19:35:50 anubhava

我編輯了這個問題，使它更具可讀性，對於混淆感到抱歉， – Perlnika

我編輯了答案你的編輯。 – anubhava

正則表達式查找和替換：bash的變量內的sed

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