我試圖創建一個圖形（圖形如圖理論，節點和邊緣等），其中每個節點由文件中的圖像表示（最好是某種柵格格式）。我查看了RGraphviz軟件包，但不幸的是shapefill屬性是「當前不支持」。R：創建節點爲圖像的圖形

我也看了一下iGraph，但瀏覽文檔我似乎無法找到關於在圖形中使用圖像的任何內容。

有沒有人有使用圖像文件從R內生成的圖形文件的經驗？

2011-02-12 Andreas Jansson

有一些方法可以手動執行此操作，因爲你可以閱讀和繪製R中的圖像（這裏我使用rimage）通常也繪製在x-y平面上。你可以使用igraph來處理幾乎所有你想用R處理圖表的東西，另一種方法是使用我自己的包qgraph，它也可以用來繪製各種類型的圖。

在這兩個軟件包中，節點的放置都是在矩陣中指定/給定的，每個節點有兩列和一行，表示x和y的位置。這兩個軟件包也繪製-1到1的水平和垂直區域。因此，通過該佈局矩陣，我們可以使用rasterImage將圖像繪製在正確的位置。

我將從無向圖（無箭頭）開始。

首先我加載圖像：

# Load rimage library: 
library('rimage') 

# Read the image: 
data(logo) 
img <- imagematrix(logo)

和樣品的曲線圖中使用（使用鄰接矩陣）：

# Sample an adjacency matrix: 
set.seed(1) 
adj <- matrix(sample(0:1,10^2,T,prob=c(0.8,0.2)),10,10)

然後在qgraph：

library('qgraph') 

# Run qgraph (plot the graph) and save the layout: 
L <- qgraph(adj,borders=FALSE,vsize=0,labels=F,directed=F)$layout 

# Plot images: 
apply(L,1,function(x)rasterImage(img,x[1]-0.1,x[2]-0.1,x[1]+0.1,x[2]+0.1))

哪看起來像這樣：

the network made in qgraph

在igraph您首先需要進行佈局。這種佈局也需要重新調整，以適應-1到1個繪圖區（這是由它本身的igraph在繪圖功能完成）：

library('igraph') 

# Make the graph 
G <- graph.adjacency(adj,mode="undirected") 

# Create fixed layout: 
set.seed(1) 
L <- layout.fruchterman.reingold(G) 

# Rescale the layout to -1 to 1 
L[,1]=(L[,1]-min(L[,1]))/(max(L[,1])-min(L[,1]))*2-1 
L[,2]=(L[,2]-min(L[,2]))/(max(L[,2])-min(L[,2]))*2-1 

# Plot: 
plot(G,layout=L,vertex.size=0,vertex.frame.color="#00000000",vertex.label="") 

# Set images: 
apply(L,1,function(x)rasterImage(img,x[1]-0.1,x[2]-0.1,x[1]+0.1,x[2]+0.1))

The graph in igraph

現在如果你想向圖是少瑣碎，因爲箭頭需要指向圖像的邊緣。最好的方法是使用與圖像大小相近的不可見方形節點。要做到這一點，你需要擺弄的參數qgraph或的vertex.size參數。（如果你想我可以查找確切的代碼，但它不是微不足道的）。

在qgraph：

L <- qgraph(adj,borders=FALSE,vsize=10,labels=F,shape="square",color="#00000000")$layout 

apply(L,1,function(x)rasterImage(img,x[1]-0.1,x[2]-0.1,x[1]+0.1,x[2]+0.1))

Directed graph in qgraph

在igraph：

G <- graph.adjacency(adj) 

set.seed(1) 
L <- layout.fruchterman.reingold(G) 

L[,1]=(L[,1]-min(L[,1]))/(max(L[,1])-min(L[,1]))*2-1 
L[,2]=(L[,2]-min(L[,2]))/(max(L[,2])-min(L[,2]))*2-1 

plot(G,layout=L,vertex.size=17,vertex.shape="square",vertex.color="#00000000",vertex.frame.color="#00000000",vertex.label="") 

apply(L,1,function(x)rasterImage(img,x[1]-0.1,x[2]-0.1,x[1]+0.1,x[2]+0.1))

Directed graph in igraph

2013更新：

請注意，rimage不再位於CRAN上，但您可以使用png或ReadImages庫。我剛剛更新了qgraph，其中包含的功能可以更輕鬆地完成此操作。看到這個例子：

# Download R logo: 
download.file("http://cran.r-project.org/Rlogo.jpg", file <- tempfile(fileext = ".jpg"), 
    mode = "wb") 

# Sample an adjacency matrix: 
set.seed(1) 
adj <- matrix(sample(0:1, 10^2, TRUE, prob = c(0.8, 0.2)), 10, 10) 

# Run qgraph: 
qgraph(adj, images = file, labels = FALSE, borders = FALSE)

這需要qgraph版本1.2才能正常工作。

來源

2011-02-12 12:40:36

可愛的答案。提問者想要什麼呢？ – Spacedman 2011-02-12 13:10:22