R使用帶LD函數的Tapply

Question

我試圖用遺傳學軟件包中的LD（）函數進行連鎖不平衡計算。對於那些不知道是誰，它的定義如下所示：

g1=genotype(a) 
g2=genotype(b) 
LD(g1,g2) 

其中A和B是指文字

鑑於這種情況，我有4列的數據幀和大量的行和我m試圖找到2列的LD。假設df $ col3和df $ col4代表上面例子中的a和b，我將如何執行計算？

我正在考慮使用tapply，作爲一個for循環將永遠需要：

tapply(df$col3,df$col4,function) 

的問題是，我不能想出一個辦法來設置，他們只在特定的行以下：

g1=genotype(row "n", col3) 
g2=genotype(row "m", col4) 

我知道「行'n'」不是一個實際的有效代碼;我只是不知道如何描述它。

最後，我打算上運行的LD計算一次，我可以設置G1和G2

Answer 1

正如他的評論可能要mapply詹姆斯的狀態。我沒有你的數據，但這應該工作：

mapply(
    function(a, b) LD(genotype(a), genotype(b)), 
    a = df$col3, 
    b = df$col4 
) 

我做到了社區維基原因的答案是基於，不是我的，評論。