如何更快更換agrep？

Question

我目前使用近似grep（Agrep）來獲得數千個短字符串列表與數百萬個更長字符串列表之間的匹配。

任務：

找到 'ABCDE'， '... ... XYZABCDEFG' 甚至 'ABCD' '... ... XYZqBCDEFG'（1個錯）

AGREP工作正常，但對於我必須做的事情來說太慢了（字符串匹配與1不匹配）。任何人都可以推薦更快的選擇嗎？

Answer 1

我不知道這個答案的表現將如何與你現在擁有的相比。

開始與

one_mismatch_regex() { 
    local patterns 
    for ((i=0; i < ${#1}; i++)); do 
     patterns+=("${1:0:i}.${1:i+1}") 
    done 
    local IFS='|' 
    echo "${patterns[*]}" 
} 

做這個：

$ one_mismatch_regex foobar 
.oobar|f.obar|fo.bar|foo.ar|foob.r|fooba. 

所以：

while read search_word; do 
    one_mismatch_regex "$search_word" 
done < searches.txt | 
grep -E -f - data.txt 

while循環將改變搜索詞的列表爲正則表達式，將匹配單詞有一個不匹配，並寫入正則表達式到標準輸出。然後，grep將使用擴展正則表達式匹配（-E）並從名爲-（stdin）的文件中讀取正則表達式。