函數含義，它是如何刪除零表達基因的？

我與單細胞RNA測序獲得的表達矩陣的工作，但我必須使用R代碼的一個隊友給我發了相關的一個問題...函數含義，它是如何刪除零表達基因的？

sort(unique(1 + slot(as(data_matrix, "dgTMatrix"), "i"))) 
# there isn't more details in the code...

從理論上講，這個功能是刪除沒有表達的基因（如果它在所有樣本中都爲零，它認爲...），但是我不可能理解它，任何人都可以給我一個小費？

來源

2017-06-06 jgarces

你的對象data_matrix被轉換爲dgTMatrix，這個對象可能有不同的插槽，但你只對I感興趣。出於某種原因你給它們加1，而你只保留唯一的值。沒有什麼是「刪除」的。這很難進一步幫助，考慮給我們輸出（head（dgTMatrix，50））' –

@Moody_Mudskipper，謝謝你的幫助！我想我剛剛瞭解代碼（請參閱下面的答案）。 – jgarces

嗯，我想我已經理解了這個代碼...讓我們試着解釋它！（請糾正我，如果我錯了）。

我們的數據有稀疏矩陣（即關於內存的詳細handly，link），用as它強制轉換爲特定的格式，這種矩陣（稀疏矩陣三元組格式，link）的結構：三列與i和j索引爲這些非零值。

y <- matrix_counts # sparse matrix   
       AAACCTGAGAACAACT-1 AAACCTGTCGGAAATA-1 AAACGGGAGAGCTGCA-1 
ENSG00000243485     1     .     .     
ENSG00000237613     .     .     2 

y2 <- as(y, "dgTMatrix") #triplet format for sparse matrix 
    i j x 
1 9 1 1 #in row(9) and column(1) we have the value 1 
2 50 1 2 
3 60 1 1 
4 62 1 2 
5 78 1 1 
6 87 1 1

後，只需要列的「i」（slot(data, "i")），因爲我們只需要行索引（知道行是零不同），並刪除重複（unique）最終得到的是矢量與該行的索引將被用於過濾原始數據：

y3 <- unique(1 + slot(as(exprs(gbm), "dgTMatrix"), "i")) 
[1] 9 50 60 62 78 87 
data <- data_raw[y3,]

我與sort和1+有點糊塗，但我認爲這是基本的概念。因此，總結一下，我們從這個非零行（基因）中取出行索引，並用它來過濾我們的原始數據......另一種刪除非表達基因的原始方法，有趣！

來源

2017-06-07 10:47:55 jgarces

函數含義，它是如何刪除零表達基因的？

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