如何在沒有X11的情況下在服務器上運行R，並避免依賴關係破損

我在裝有RAM的大型EC2 Ubuntu實例上運行R 2.9，但沒有終端。當我裝載有顯示器的依賴，如sqldf包庫，我收到以下錯誤：如何在沒有X11的情況下在服務器上運行R，並避免依賴關係破損

library(sqldf) 
... 
Loading required package: tcltk 
Loading Tcl/Tk interface ... Error in fun(...) : couldn't connect to display "localhost:11.0" 
Error : .onLoad failed in 'loadNamespace' for 'tcltk' 
Error: package 'tcltk' could not be loaded

這似乎是一個普遍的問題，我想知道其他人如何解決它。安裝X11服務器不是一個理想的解決方案。

來源

2009-11-10 medriscoll

使用虛擬幀緩衝區X11服務器 - 我們也是這樣做的，以構建需要X11 for R的軟件包構建在無頭chroot中。以例如從rggobi的構建時刻依賴的標準桿：

xvfb xauth xfonts-base

安裝這些之後，你可以使用xvfb-run命令。如果你通過例如

xvfb-run R --no-save

您現在應該能夠使用需要X11的例程和命令，例如，一些繪圖設備，或tcl/tk初始化，它們也堅持使用X11。

相同的技巧對於Web服務器很有用。

來源

2009-11-10 20:27:04

德克的建議確實很好，如果你有控制服務器&可以運行xvfb。如果不是，R中的較新版本（> = 2.10 &也許更早），這不再是一個錯誤閱讀...

，這是一個警告：

> library(tcltk) 
Loading Tcl/Tk interface ... done 
Warning message: 
In fun(libname, pkgname) : no DISPLAY variable so Tk is not available

現在，您可以抑制這種警告，並通過後續的包加載消息：

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk)))

你經常會看到這樣的消息，由於加載包像qvalue取決於tcltk;如果你是安靜的操作後，你應該靜靜加載tcltk第一，那麼感興趣的包：

> suppressPackageStartupMessages(suppressWarnings(library(tcltk))) 
> library(qvalue)

馬克

復活由於：http://dev.list.galaxyproject.org/wrapping-qvalue-in-Galaxy-td4655164.html

來源

2012-07-19 04:36:58 drmjc

如何在沒有X11的情況下在服務器上運行R，並避免依賴關係破損

回答

相關問題