biopython安裝測試失敗：ERROR：test_fetch_xml_schemas（test_Entrez_online.EntrezOnlineCase）

Question

我試圖測試biopython的我的Mac上安裝和使用這個命令：

$ sudo python3 setup.py test 

一切都只是此錯誤消息罰款：

ERROR: test_fetch_xml_schemas (test_Entrez_online.EntrezOnlineCase) 
Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/zhouyang/biopython/Tests/test_Entrez_online.py", line 205, in test_fetch_xml_schemas 
     records = list(Entrez.parse(handle)) 
    File "/Users/zhouyang/biopython/build/lib.macosx-10.6-intel-3.5/Bio/Entrez/Parser.py", line 267, in parse 
     raise CorruptedXMLError("Premature end of XML stream") 
Bio.Entrez.Parser.CorruptedXMLError: Failed to parse the XML data (Premature end of XML stream). Please make sure that the input data are not corrupted. 

此外，在測試過程中，這些結果顯示test_Entrez.online失敗。

test_Entrez ... ok 
test_Entrez_online ... FAIL 
test_Entrez_parser ... ok 
test_Enzyme ... ok 

我使用的是OS X EI Capitan的10.11.6在Mac上，我有蟒蛇2.7和3.5.2安裝和安裝biopython和相關包時運行python3。

任何想法發生了什麼問題？

Answer 1

我不會在乎那個錯誤。此測試嘗試連接到Entrez服務器並從那裏獲取某些內容，然後檢查下載的數據是否一切正常。對於與您的安裝無關的一千個原因，它可能在從NCBI獲取XML時失敗。

如果您可以使用腳本中的Bio.Entrez.efetch()函數，那麼一切都很好。