R格式更改

是否有機會使用軟件包plotrix計算網絡統計信息。我以前嘗試過這種方式，但有一些可用的工具，但不是最後一個其他utilitites像ultimatnet更快R格式更改

2013-12-19 user3069326

這是很難回答有關不尋常的包沒有可重複的例子的問題。請注意我如何從包中加載示例數據文件，以便其他人可以重現我的示例。

library(ape) 
library(phytools) 
data("hivtree.newick") 
tree = read.tree(hivtree.newick) 
str(tree) 

# List of 4 
# $ edge  : int [1:384, 1:2] 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 ... 
# $ Nnode  : int 192 
# $ tip.label : chr [1:193] "A97DCA1EQTB52" "A97DCA1MBFE185" "A97DCA1MBS12" "A97DCA1MBS30" ... 
# $ edge.length: num [1:384] 0.012112 0.000001 0.015665 0.029972 0.003031 ... 
# - attr(*, "class")= chr "phylo" 
# - attr(*, "order")= chr "cladewise"

我們的第一個觀察結果是，這個結構只有193個提示的文本標籤。因此，我們不能希望獲得來自tree的內部節點的文本標籤，因爲它們不存儲在tree中。但是，樹的節點編號爲1到385;我們可以找出哪些節點號是內部與getDescendants功能：

is.internal = sapply(1:385, function(x) length(getDescendants(tree, x)) > 1) 
which(is.internal) 
# [1] 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 
# [22] 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 
# [43] 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 
# [64] 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 
# [85] 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 
# [106] 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 
# [127] 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 
# [148] 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 
# [169] 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 
# [190] 383 384 385

來源

2013-12-19 19:44:20 josliber

高興地看到，這是可能的......萬一你知道包一點是有一個機會，瞭解的時間文件中的節點？不是邊緣長度，而是從樹的尖端開始的時間？ – user3069326

對不起，我對這些軟件包（或者系統發育學）一無所知。但是，在軟件包文檔中進行簡單搜索後發現，ape包中的「branching.times」可能就是您要查找的內容。 – josliber

有一件事很快 - 從您的個人資料頁面看來，您從來沒有提出過答覆或接受過答案，即使您已經對自己的問題做出了相當好的回答。 Upvoting和接受是使用StackOverflow網站的重要組成部分。 – josliber

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