重定向輸出作爲命令行的輸入？

Question

我想運行一個bash腳本中下面的代碼：

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic < samtools view -b -u -q 1 $n_b \ 
| samtools pileup -f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \ 
| samtools pileup -f $r - output 

其中$ N_B和$ T_B的文件。

java軀體函數需要2個參數。所以

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r 

是參數之一和

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r 

是其他參數中。這兩個參數本身都是可執行的。

所以我想是

samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r - 

先執行然後

samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r 

和輸出成爲軀體的輸入。

Answer 1

解決我的問題是找到在：

https://gist.github.com/1022747

Answer 2

也許沒有答案，因爲我缺乏瞭解的問題：

我會用

（samtools查看-b -u -q 1 $ N_B | samtools堆積-f $ R - ; \ samtools view -b -u -q 1 $ t_b | samtools pileup -f $ r - ）\ | java -jar VarScan.v2.2.jar身體輸出

Answer 3

[編輯]我想我現在理解你的問題，如果我錯了，請糾正我。

我們從最簡單的例子開始，它有與您的例子相同數量的不同命令行。想象一下，你有三個程序，'體細胞'，'samtools1'和'samtools2'。體細胞需要兩個參數，而samtools1和samtools2則沒有。

讓我們進一步想象一下，當samtools1運行時，它會產生一個單詞'output1'。同樣，讓我們​​想象一下，當samtools2運行時，它會產生一個單詞'output2'。然後您將運行命令

somatic output1 output2 

作爲命令行。

實現這一目標的方式是

somatic `samtools1` `samtools2` 

沒有參與重定向。

還是在血淋淋的細節，使用你原來的例子，像

java -jar VarScan.v2.2.jar somatic `samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pileup -f $r -` `samtools view -b -u -q 1 $t_b | samtools pileup -f $r - output` 

雖然有可能是'之間有一些相互|這需要一些括號或引用。我實際上沒有試圖運行這個。

[舊的東西留給審計]

你的問題還不是完全清楚對我說：你是清楚的在你的心中是否要輸出重定向或制訂一個命令行？我懷疑你的意思是後者，因爲你提到了兩個參數，而且只有一個標準輸入。

如果你想從一個命令的輸出制定一個命令行參數，使用bash的語法是反引號「`」

例如，運行命令「mycommand的」期望一個日期作爲其命令行實辨，你可以使用

mycommand `date` 

這將運行date命令，並且使用命令的輸出爲mycommand的第一個參數。