從，使用R

Question

我有2個文件如下

文件1 2個不同的文件比較列：

Locus S1 S2 S3 
loc1 87 56 77 
loc2 34 55 75 
loc3 12 09 78 
loc4 34 67 89 
loc5 78 65 46 

文件2：

Locus S1 S2 S3 
loc3 13 43 34 
loc5 43 56 90 
loc7 89 56 33 
loc1 56 88 00 
loc4 66 77 98 
loc2 34 44 66 

我要比較/匹配「軌跡「這兩個文件中的列，例如，在」new_output文件「中，我應該有來自File1的」locus「列的序列以及來自File2的各個基因座的值。

所以我的「new_output文件」應該是這樣的，

Locus S1 S2 S3 
loc1 56 88 00 
loc2 34 44 66 
loc3 13 43 34 
loc4 66 77 98 
loc5 43 56 90 

我想是這樣，

file1 <-read.delim(file="file1.txt",header=TRUE,sep="\t") 
file2 <-read.delim(file="file2.txt",header=TRUE,sep="\t") 
new_output <- file1[file1$Locus %in% file2$Locus,] 
write.table(new_output,file="new_output.txt",sep="\t") 

但那不是真的給我，結果我想要的方式。誰能幫我這個？並告訴我，我哪裏錯了？

Answer 1

您可以使用功能merge：

merge(file1["Locus"], file2, by = "Locus") 

# Locus S1 S2 S3 
#1 loc1 56 88 0 
#2 loc2 34 44 66 
#3 loc3 13 43 34 
#4 loc4 66 77 98 
#5 loc5 43 56 90 

Answer 2

你接近。取而代之的%in%，使用match：

new_output <- file2[match(file1$Locus, file2$Locus), ] 

你也可以做的是用什麼作爲Locus行名：

file1 <-read.delim(file = "file1.txt", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1) 
file2 <-read.delim(file = "file2.txt", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1) 
new_output <- file2[rownames(file1$Locus), ]