用gunzip沒有找到文件，即使它知道文件名

Question

我有一個解壓一批文件目錄中的一個簡單的bash腳本：

#!/bin/bash 

dir=/volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound 
gunzip -f $dir/*gz* 

然而，當我運行此命令我得到這些錯誤：

gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012650001_012675000.sdf.gz: No such file or directory 
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012675001_012700000.sdf.gz: No such file or directory 
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012700001_012725000.sdf.gz: No such file or directory 
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012725001_012750000.sdf.gz: No such file or directory 
... [this continues on for every file in the directory] 

很明顯，它查找目錄中的每個文件，因爲錯誤中列出了文件名，但是卻無法解壓並找不到文件。這裏發生了什麼？

編輯一些文件實際上已得到解壓縮，但該文件的錯誤仍顯示

Answer 1

我想我找到了可能的原因：當您運行gunzip -f $dir/*gz*，該文件被擴大，作爲參數傳遞到gunzip。文件名擴展只發生一次，而不是動態的。即使文件被刪除或重命名，參數仍將保持原樣。不知何故，如果你的某些文件在gzip開始處理之前被刪除（由於解壓每個文件需要一段時間才能到達另一個文件），那麼肯定會出現這些消息。

爲了防止這些信息，你可以檢查每一個文件，如果他們處理之前仍然存在：

for file in "$dir"/*gz; do 
    [[ -f $file ]] && gunzip -f "$file" 
done 

• 更好的報價$dir防止分詞。
• 如果目標文件名是以gz結尾的文件名，那麼最後不要多加一個*。