拿到模式出來的文件和grep與模式相關的所有文件進行不同的目錄

Question

我有文件名列表如下：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt 
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt 
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt 
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt 
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt 
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt 
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt 

我想提取列車之間的所有名稱。和_這樣的：

Zfp691 
Hbp1 
Zfp740 
Hbp1 
zfp740 
Hic1 
Zic1 

比我有文件的另一個列表：

Zfp691.pwm.txt 
Hbp1.pwm.txt 
Zfp740.pwm.txt 
Hbp1.pwm.txt 
zfp740.pwm.txt 
Hic1.pwm.txt 
Zic1.pwm.txt 
Zic1.pwm.RC.txt 

我想提取匹配這樣的例子的所有情況：

Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt匹配Zic1.pwm.txt和Zic1.pwm.RC.txt

這些輸出參數傳遞給我的R腳本。所以SH腳本應該給後面的參數=

$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) + $j Zic1.pwm.txt 
$i (Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt) + $j Zic1.pwm.RC.txt 

我不知道這甚至有可能。我開始嘗試這個：

#!/bin/bash 

for i in input/*/testtrain/Train*deBruijn.txt 
do 
    $i 
done 

for j in input/All_PWMs/*/*.txt 
do 
    $j 
done 

echo qsub script3.sh $i $j 

在這裏，我嘗試給腳本3.sh的參數，但這隻給1組合返回。任何人提示或提示？比如如何匹配/ grep這些名字。或者通過參數傳遞的不同方式。

Script3.sh用於在Linux命令行中調用R。所以參數只是通過這個文件來調用一個包含debruijn和pwm組合的R作業。

r腳本需要1個debruijn.txt和1個pwm.txt才能計算出我需要的值。 因此，對於這個例子，我將獲得2個組合：

debruijn.txt and pwm1.txt -----> pass the args to R as combination 1 
debruijn.txt and pwm2.txt -----> pass the args to R as combination 2 

Answer 1

的Perl：

#!/usr/bin/perl 

@files=glob("*.*_*"); 

foreach $f (@files) { 
    $f =~ /^[^\.]+\.([^_]+)_/; 
    $pre = $1; 
    @f2 = glob ("$1*"); 
    print "$f found files ".join(" ",@f2)."\n"; 
    system ("./script.sh",$f,@f2) && die ($!); 
} 

給出輸出：

T0rain.Zfp691_0895.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp691.pwm.txt 
Train.Hbp1_2241.2_v2_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt 
Train.Hbp1_2241.3_v1_deBruijn.txt found files Hbp1.pwm.txt 
Train.Hic1_2816.2_v1_deBruijn.txt found files Hic1.pwm.txt 
Train.Zfp740_0925.2_v2_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt 
Train.Zfp740_0925.3_v1_deBruijn.txt found files Zfp740.pwm.txt 
Train.Zic1_0991.2_v1_deBruijn.txt found files Zic1.pwm.RC.txt Zic1.pwm.txt 

我 「script.sh」 是：

#!/bin/sh 

echo Script got $0 $1 $2 $3 

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