dockstore-tool-samtools-index是否已經配置了GATK/BAM/Chromwell？

Question

只是想知道是否有名爲dockstore-tool-samtools-index的docker image在這裏可用「https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index」 並作爲Google Genomics API（pipelines.create）的輸入提供，其中包含基因工具，如GATK/BWA或Chromwell。 任何有關這方面的幫助將不勝感激。 我試圖在Google上搜索，但沒有得到任何幫助。

謝謝。

Answer 1

它似乎並沒有包含這些額外的工具：https://github.com/CancerCollaboratory/dockstore-tool-samtools-index/blob/master/Dockerfile

以下是如何檢查：

1. 找到搬運工容器上https://dockstore.org/search-containers。
2. 點擊感興趣的容器所在行的「GitHub」鏈接。
3. 閱讀Dockerfile的內容，查看圖像將包含的內容。

Answer 2

Docker鏡像的一個方面是，他們通常只嘗試安裝一個特定的工具。通過這種方式，圖像保持儘可能小的想法，他們可以像模塊一樣使用它們。

上面Nicole提供的Dockstore搜索鏈接中列出了已安裝BWA的圖像。克倫威爾通常啓動Docker容器，而不是安裝在Docker鏡像上，因爲它更像是工作流管理系統。隨時歡迎您使用首選安裝的軟件包創建您自己的自定義映像，以滿足您的需求。

希望它能幫助，

保羅