錯誤：文件錯誤（con，「r」）：無法打開連接

我想在R中使用bio3d包運行dssp函數。但是我收到錯誤消息。錯誤：文件錯誤（con，「r」）：無法打開連接

library("bio3d") 
pdb <- read.pdb("1CRN") 
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe") 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

請提出任何建議。

來源

2012-03-25 lara

不要在'你dssp'工作的例子嗎？嘗試在示例中包括exepath。如果沒有，你總是可以將dssp.exe的路徑包含到你的PATH中，並避免輸入exepath all togehter。 – 2012-03-25 08:49:47

我已經回答你的問題，你最初問它的地方：http://biostar.stackexchange.com/questions/19053/secondary-structure-analysis-with-dssp-in-r/19118#19118 – neilfws 2012-03-25 11:57:24

@neilfws該鏈接是爲我打破了，你有可能在這裏複製答案嗎？ – ThomasH 2012-11-23 23:06:17

爲了解決它，你需要修復的DSSP功能paramenters：

修復（DSSP）

改寫以下行：

系統（膏（exepath，「DSSP -c」，infile中，「」，OUTFILE，九月= 「」），ignore.stderr = TRUE）的

「-i」 istead 「-c」和「 - ○」 這一翻譯「」

CHEARS

來源

2013-01-08 16:32:34

錯誤：文件錯誤（con，「r」）：無法打開連接

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