Biopython - 字符串分配錯誤

Question

我試着從Biopython開始。所以我可以在其中做我的論文。但這真的讓我思考三次。顯示功能丟失，當我嘗試一個整數值時，它不起作用，並且字符串的情況也是如此。請幫助。謝謝。

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http://imgur.com/87Gw9E5

Answer 1

Biopython的傢伙實際上很容易處理這些功能。你的問題是字符串管理（普通的Python）。我已使用format，但您可以使用%運算符。

另外在Python中，你很少在循環時保持計數。 Python不是C.

from Bio import SeqIO 

for record in SeqIO.parse("NG_009616.gb", "genbank"): 

    # You don't have to take care of the number of features with a while 
    # Loop all of them. 
    for feature in record.features: 
     print "Attributes of feature" 
     print "Type {0}".format(feature.type) 
     print "Start {0}".format(feature.location.start) 
     print "End {0}".format(feature.location.end) 
     print "Qualifiers {0}".format(feature.qualifiers) 
     # This is the right way to extract the sequence: 
     print "Sequence {0}".format(feature.location.extract(record).seq) 
     print "Sub-features {0}".format(feature.sub_features) 

Answer 2

Biopython似乎相當強勁對我來說，可能的誤差是由於它的經驗不足。

你有幾個錯誤，其中之一是你忘了用「」結束字符串。下面的幾行

print "location start, features[ftNum].location.start # note location.start" 
print "feature qualifiers,features[ftNum].qualifiers" 

應更正爲

print "location start", features[ftNum].location.start # note location.start 
print "feature qualifiers", features[ftNum].qualifiers 

此外，由於Wooble指出了while循環的條件是錯誤的。我猜你的意思是反轉「>」，也就是說，功能的數量應該大於零。

請添加一些示例數據和錯誤消息。