Shell選項「OPTIONNAME」對我的腳本無法正常工作

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我有一個bash腳本，如果在運行腳本時提供特定的命令行標誌，我想打印出該消息。例如，這裏是我的bash腳本Shell選項「OPTIONNAME」對我的腳本無法正常工作

while getopts ":hi:l:1:2:U:O:s:p:5:3:qQm:M:I:X:" opt; do 
    case $opt in 
    i) 
    index_folder=$OPTARG # Input folder 
    ;; 
    l) 
    lib_type=$OPTARG # Library type 
    ;; 
    1) 
    left_reads+=("$OPTARG") # Left reads 
    ;; 
    2) 
    right_reads=("$OPTARG") # Right reads 
    ;; 
    U) 
    single_reads+=("$OPTARG") # single end reads 
    ;; 
    O) 
    bam_out=$OPTARG # Samoutput file 
    ;; 
    s) 
    sra_id=$OPTARG # SRA ID 
    ;; 
    p) 
    num_threads=$OPTARG # Number of threads 
    ;; 
    5) 
    five_trim=$OPTARG # 5' trim 
    ;; 
    3) 
    three_trim=$OPTARG # 3' trim 
    ;; 
    q) 
    quality_33=$OPTARG # Phred 33 
    ;; 
    Q) 
    quality_64=$OPTARG # Phread 64 
    ;; 
    m) 
    min_intl=$OPTARG # Minimum intron length 
    ;; 
    M) 
    max_intl=$OPTARG # Maximum intron length 
    ;; 
    t) 
    tra_as=$OPTARG # Report alignments tailored for transcript assemblers including StringTie 
    ;; 
    c) 
    tra_cuff=$OPTARG # Report alignments tailored specifically for Cufflinks 
    ;; 
    esac 
done 


if [ ! -z $left_reads ] && [ ! -z $right_reads ]; then 
    echo "original" 

elif [ ! -z $left_reads ] && [ ! -z $right_reads ] && [ ! -o $quality_33 ]; 
then 
    echo "quality" 
fi

而當我嘗試像這樣運行。它打印正確

sh test.sh -i index -l "F" -1 reads_1.fq -1 e_coli_1000_1.fq -2 reads_2.fq -2 e_coli_1000_2.fq -p 2 -O final_bam -5 10 -3 10 -m 20 -M 200 
original

然而，當我嘗試包括一個額外的選項（相當於第二個條件 - 「質量」），它仍然打印第一輸出

sh Hisat2_align.sh -i index -l "F" -1 reads_1.fq -1 e_coli_1000_1.fq -2 reads_2.fq -2 e_coli_1000_2.fq -p 2 -O final_bam -5 10 -3 10 -m 20 -M 200 -q 
original

我在做什麼錯這裏？

來源

2017-02-13 upendra

[MCVE] - 你的代碼是遠遠最小的，我什至不知道你在問什麼。 – melpomene

根據您的optstring，-q不帶任何參數，所以quality_33=$OPTARG分配空字符串變量
- 的，而之前宣佈quality_33=0，在這種情況下，分支使用quality_33=1
由於您正在使用elif來測試-q和if條件是真的，你永遠不會看到「質量」
測試[ ! -o $quality_33 ]永遠不會爲真：變量是空的，所以慶典看到
[ ! -o ] - 在這種情況下，「O」被作爲一個純字符串不是一個運算符，並且一個普通的非空字符串總是爲真。然後你否定這個結果。當使用單支架，總是引用您的變量：
```
elif [ ! -z "$left_reads" ] && [ ! -z "$right_reads" ] && [ "$quality_33" -eq 1 ] 
```

來源

2017-02-13 01:44:09

當讀取一個沒有參數的選項時，'getopts'實際上是否重置了'OPTARG'？ – melpomene

是的。一個例子：'set - -a 1 -b; OPTIND = 1;而getopts「a：b」opt; do echo「> $ opt < > $ OPTARG <」;完成' –

有趣。這種行爲似乎沒有記錄。 – melpomene

Shell選項「OPTIONNAME」對我的腳本無法正常工作

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