LC50計算

Question

我試圖從自舉GLM輸出列表計算LC50

我有自舉GLM的列表中（稱爲結果）這樣的輸出： （我只是把使用dose.p從MASS包我試圖計算LC50爲已經運行模型中的每個單獨的輕鬆，而不是整個列表）

$thetastar[[100]]  
Call: glm(formula = dead[x] ~ concentration[x] + factor(female.no[x]), 
family = binomial, data = subset.data.48hr) 

Coefficients: 
     (Intercept)  concentration[x] factor(female.no[x])3 factor(female.no[x])4    factor(female.no[x])7 
      0.7386     0.1869    -0.8394    -5.6613     -2.9576 
factor(female.no[x])8 factor(female.no[x])9 
      -1.5329    -2.7826 

Degrees of Freedom: 354 Total (i.e. Null); 348 Residual 
(1265 observations deleted due to missingness) 
Null Deviance:  484.2 
Residual Deviance: 257 AIC: 271 

最後的結果

dose.p(results$thetastar[[100]], cf = c(2,3), p = 0.5) 

返回

   Dose  SE 
p = 0.5: 0.2227249 0.161769 

據我瞭解，這是LC50的factor(female.no[x])3.即到dose.p我已經把cf = c(2,3)這我認爲是列2和列3，concentration和factor(female.no[x])3.

是這正確嗎？

其次：

有沒有一種方法可以讓我得到LC50爲每個女性，即factor(female.no[x])3，factor(female.no[x])4，factor(female.no[x])7等等，我不明白我怎麼能得到dose.p工作工作沿着不同的變量無需手動更改代碼cf=：

dose.p(results$thetastar[[100]], cf = c(2,3), p = 0.5) 
dose.p(results$thetastar[[100]], cf = c(2,4), p = 0.5) 
dose.p(results$thetastar[[100]], cf = c(2,4), p = 0.5) 

最後： 我的結果被存儲在一個列表，我如何獲得dose.p沿着名單的工作，這將是這樣的：

test=matrix 
for(i in 1:results){ 
test[i,]= dose.p(results$thetastar[[i]], cf = c(2,3), p = 0.5) 

感謝所有幫助

Answer 1

的cf參數dose.p採取攔截和日誌劑量的列。 （如果使用的濃度，是不是一個LC50？）

對於默認動物（即不爲3，4，8或9），可以使用(Intercept)和concentration[x]列，cf = 1:2。

對於其他動物，您希望攔截加上一個因子。例如，對於動物3，你需要第1列加上第3列（以及第2列的濃度）。不幸的是，dose.p不會接受這樣的規範，所以你將不得不重新運行你的模型沒有攔截。

添加0式來實現這一點：

glm(
    dead[x] ~ 0 + concentration[x] + factor(female.no[x]), 
    family = binomial, 
    data = subset.data.48hr 
) 

現在每個factor(female.no[x])將包含該動物的「截距」。