從bash腳本運行帶有參數的R檔

可能重複：
How can I read command line parameters from an R script?從bash腳本運行帶有參數的R檔

我有A R腳本，我想爲其能夠提供幾個命令行參數（而不是代碼本身的硬編碼參數值）。該腳本在Linux上運行。

我不知道如何在命令行Bash上讀取R.script。

SH文件

cd `dirname $0` 
/usr/lib64/R/bin/R --vanilla --slave "--args input='$1' input2='$2' output='$3'" file=/home/lvijfhuizen/galaxy_dist/tools/lisanne/partone.R $3.txt

R檔

args <- commandArgs() 
file <- read.csv(args[8],head=TRUE,sep="\t") 
annfile <- read.csv(args[9],head=TRUE,sep="\t")

來源

2011-03-09 lisanne

另請參閱http://stackoverflow.com/search?q=[r]+script+command+line+parameters這不是最好的搜索功能，但它有時會工作... – 2011-03-09 15:23:08

要源從命令行A R腳本，通過管道將它與< R上。

例如，如果我創建以下test.sh bash腳本：

#!/bin/bash 

rfile=$1 
shift 
R --vanilla --slave --args $* < $rfile 
exit 0

其中test.R是在相同的目錄中的下述R腳本：

print(commandArgs(trailingOnly=TRUE))

然後運行該腳本與test.R作爲第一論點和可能其他人會給這樣的事情：

$ ./test.sh test.R foo bar 1 2 3 
[1] "foo" "bar" "1" "2" "3"

編輯：另一種方式，也許更乾淨，就是使用專用的Rscript命令。然後，你可以直接把你的bash腳本，如：

rfile=$1 
shift 
Rscript $rfile $*

這應該給出相同的結果。

來源

2011-03-09 15:27:21 juba

從bash腳本運行帶有參數的R檔

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