Perl獲取適當的陣列陣列

我是新來的perl，並且在使用Cartesian產品時遇到了麻煩。我已經找到了模塊Set :: CrossProd和Math :: Cartesian :: Product，但我可以讓他們爲我的用法工作，因爲我需要生成一個數組。Perl獲取適當的陣列陣列

我確實想要做的是從一個基因序列（長度可變，取決於輸入），讓我們使用例如ARDN，我想要所有可能的輸出序列。我說所有的，因爲事實上，R表示A或G，d是指A，G或T和N表示A，T，C，或G.

因此，我所做，是具有陣列的一個散列不同的可能字母，然後用循環將輸入序列轉換爲數組數組。所以在我們的例子中，我應該得到：

@AoA = (
["A"], 
["A", "G"], 
["A", "G", "T"], 
["A", "T", "C", "G"], 
);

然而，似乎是我得到的標量的數組，因爲當我打印出來，我所顯示的字母。

我的代碼：

my %alphabet = (     #not complete for simplification 
    A => ["A"], 
    D => ["A" , "G", "T"], 
    N => ["A", "T", "C", "G"], 
); 

my @test = (
["A"], 
["A" , "G", "T"], 
["A", "T", "C", "G"], 
); 


my $seq = <STDIN>; 
chomp $seq; 
$seq =~ s// /g; 
my @sequence = split(" ", $seq, length($seq)); 

my @AoA; 
for (my $i = 0; $i < $#sequence; $i++) { 
    push (@AoA, @{$alphabet{$sequence[$i]}}); 
}; 

print "@test"; 
print "@AoA";

輸出：

ARDN 
ARRAY(0x84ea30) ARRAY(0x867780) ARRAY(0x8677f8) 
A A G A G T A T C G

我做了什麼錯？謝謝

來源

2015-12-04 Paul Giroud

當你想看到任何變量的詳細內容：use Data :: Dumper;打印Dumper（$ whatever_variable）; – jcaron

你可以簡化你的分割爲'my @sequence = split //，$ seq;' – jcaron

你的for循環是不正確的。 '$＃array'給你最後一個索引，而不是數組的大小，所以你應該使用'<='。但更好的是，使用'for $ s（@sequence）'代替循環中的'@ s'中的每個'@ sequence'成員 – jcaron

在perl中，數組不能正確地包含另一個數組。您的push將第二個列表的元素添加到數組中。您應該推送對數組的引用（然後調整剩餘的代碼以期望引用）。

push (@AoA, \@{$alphabet{$sequence[$i]}});

來源

2015-12-04 10:05:53 alexis

這個工作，現在我可以做笛卡爾產品！非常感謝！ –

很高興聽到它。由於您的問題已解決，請點擊左側的大號複選標記以「接受」我的答案。 – alexis

請注意，如果％字母的內容沒有改變，也不會通過AoA改變它們，你可以直接添加一個參考：'push @ AoA，$ alphabet {$ sequence [$ i]}' 。上面的代碼將創建數組的副本，而不是指向它。 – jcaron

這看起來像一個完美使用案例map，當你需要改變的事情的清單到的東西一個新的列表，這是偉大。大部分代碼可以簡化爲下面的例子，在我看來，它更加優雅和清晰。

my $seq = <STDIN>; 
chomp($seq); 
my @AoA = map { $alphabet{uc($_)} } split(//, $seq);

來源

2015-12-04 17:54:15

Perl獲取適當的陣列陣列

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