2017-10-13 87 views
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我想安裝GenomicAlignments R軟件包,但安裝會因爲無法安裝RCurl的其中一個依賴項而崩潰。當我嘗試通過運行install.packages("RCurl")單獨安裝RCurl,我得到以下錯誤:安裝Xcode 9後缺少「libsystem_darwin.dylib」

ld: file not found: /usr/lib/system/libsystem_darwin.dylib for architecture x86_64 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 
make: *** [RCurl.so] Error 1 
ERROR: compilation failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/RCurl’ 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status 

這是sessionInfo()

R version 3.4.2 (2017-09-28) 
Platform: x86_64-apple-darwin16.7.0 (64-bit) 
Running under: macOS Sierra 10.12.6 

traced it down到我最近安裝錯誤的Xcode 9版本。那麼,關於如何解決這個問題的任何想法?回到Xcode 8.3.3可能會解決這個問題,但我不知道如何做到這一點。

由於提前, TP

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要構建包通常您並不需要Xcode,您需要隨附的開發工具(包括編譯器)。即使你安裝了Xcode,你也需要告訴它安裝命令行工具(我相信有一個菜單項)。或者,您可以[只需自行安裝CLT](https://stackoverflow.com/q/9329243/4497050),並且不要將11Gb的磁盤花費在您從不使用的IDE上。 – alistaire

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我爲Xcode 9安裝了命令行工具,但仍然收到相同的錯誤。還運行了xcode-select --install(獲得了已安裝開發工具的消息),並且還運行了軟件更新--install -a(得到一條消息,說明所有內容都是最新的)。刪除Xcode 9並返回到Xcode 8.3.3,我們會怎麼做。 – ThePresident

回答

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如果人們想知道:卸載Xcode的9和安裝的Xcode 8.3.3解決了RCurl包中的問題和相關GenomicsAlignments包河

** testing if installed package can be loaded 
* DONE (RCurl) 

TP