ggnet2：錯誤：每個變量必須是一個1d原子向量或列表

我試圖使用ggnet2來可視化網絡分析，但已經遇到與小插曲的錯誤。ggnet2：錯誤：每個變量必須是一個1d原子向量或列表

我可以生成一個隨機的網絡，

library(ggnet2) 
library(network) 
library(sna) 
library(ggplot2) 

net = rgraph(10, mode = "graph", tprob = 0.5) 
net = network(net, directed = FALSE) 

# vertex names 
network.vertex.names(net) = letters[1:10]

，看起來合理

>net 
Network attributes: 
vertices = 10 
directed = FALSE 
hyper = FALSE 
loops = FALSE 
multiple = FALSE 
bipartite = FALSE 
total edges= 28 
missing edges= 0 
non-missing edges= 28 

Vertex attribute names: 
vertex.names 

No edge attributes

然而，當我嘗試運行的輸出..

ggnet2(net)

我得到一個錯誤

Error: Each variable must be a 1d atomic vector or list. Problem variables: 'x', 'y', 'xend', 'yend'

由於net是一個列表，因此我不清楚這個錯誤是如何產生的，並且其中的所有變量都是列表。我已經檢查過，以確保我擁有所有必需的軟件包，並且它們是最新的以及最新的R版本。

我剛試過ggnetwork，似乎也得到了類似的錯誤。

有關爲何出現此錯誤的任何想法？

來源

2017-02-12 Nate Miller

我不能重現這一點（雖然我確實包含了'ggnet2'函數的'庫（GGally）'調用）。 – user20650

好的，謝謝...必須是我的環境中的東西。 –

我有這個相同的問題。我試圖按照教程：https://briatte.github.io/ggnet/ – chrislarson

錯誤消息說

Error: Each variable must be a 1d atomic vector or list. Problem 
variables: 'x', 'y', 'xend', 'yend'

如果以下

library(ggnetwork) 
net <- ggnetwork(net) 
class(net$x)

你會發現，x是一列矩陣。您的其他組件也是如此。這樣做

net$x <- net$x[,1] 
net$y <- net$y[,1] 
net$xend <- net$xend[,1] 
net$yend <- net$yend[,1]

將改變這些所有1D原子向量和

ggplot(net, aes(x = x, y = y, xend = xend, yend = yend)) + 
    geom_edges(aes(linetype = "directed"), color = "grey50")

應該工作。你可以閱讀更多關於如何使更好的圖形工作的捷徑。

來源

2017-10-09 02:57:45

我在briatte.github.io/ggnet教程後遇到同樣的問題。

我更新了'igraph'，'ggplot'，'intergraph'，'GGally'軟件包並從源代碼中安裝了'ggnetwork'後，問題消失： install.packages("ggnetwork", type="source")。

這是建議here來解決另一個問題，但不知何故它爲我在這一個工作。也許你可以試試看。

來源

2017-04-14 12:30:52 Jackson

我想我已經找到了解決方案，至少在我的機器上。我在Win 10上運行R 3.4.3，但這可能與平臺無關。

到現在爲止我已經安裝了GGally的CRAN版本，network和sna一起，就像在example提及，並且這種設置扔上述完全相同的錯誤。我很困惑，因爲原來的network對象甚至沒有像x,xend等成員。事實證明，這些實際上是ggnetwork對象的成員，它在命令ggnet()（ggnetwork vignette）期間不可見地創建。

所以我試過安裝ggnetwork：install.packages("ggnetwork")以及ggnet的源版本（devtools::install_github("briatte/ggnet")）。

ggnetwork被成功地安裝，但包無法加載，因爲它說，GGPLOT2未安裝（我已經發現了奇怪的，因爲它是我日常使用的基礎上，爲部分包tidyverse庫）。
由於某些原因，與已經加載的軟件包相關的ggnet安裝失敗。

我已經重新啓動R對話，試圖加載再次ggnetwork，這再次失敗，缺乏GGPLOT2的，所以我安裝GGPLOT2。我再次嘗試從源代碼安裝ggnet，（這次在加載任何軟件包之前），它工作。

所以，總結一下：

重啓R對話後：

install.packages("ggnetwork") 
install.packages("ggplot2") 
devtools::install_github("briatte/ggnet")

我不知道到底是哪一步做到了，但事後的例子腳本生成的圖形陰謀，就像它應該：

library(ggnetwork) 
library(network) 
library(sna) 
library(ggnet) 

net = rgraph(10, mode = "graph", tprob = 0.5) 
net = network(net, directed = FALSE) 

network.vertex.names(net) = letters[1:10] 

ggnet2(net)

來源

2018-01-15 11:59:13

ggnet2：錯誤：每個變量必須是一個1d原子向量或列表

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