numpy陣列中多個單元格貼片的相鄰單元

Question

這是由此solution產生的後續問題。 除非在數組中有多個修補程序，否則對相鄰單元格進行計數的解決方案工作得很好。

所以這次這個數組看起來像這樣。

import numpy 
from scipy import ndimage 

s = ndimage.generate_binary_structure(2,2) 
a = numpy.zeros((6,6), dtype=numpy.int) # example array 
a[1:3, 1:3] = 1;a[2:4,4:5] = 1 
print a 
[0 0 0 0 0 0] 
[0 1 1 0 0 0] 
[0 1 1 0 1 0] 
[0 0 0 0 1 0] 
[0 0 0 0 0 0] 
[0 0 0 0 0 0] 

# Number of nonoverlapping cells 
c = ndimage.binary_dilation(a,s).astype(a.dtype) 
b = c - a 
numpy.sum(b) # returns 19 
# However the correct number of non overlapping cells should be 22 (12+10) 

是否有任何聰明的解決方案來解決這個困境，而不使用任何循環或迭代通過數組？原因是陣列可能相當大。

思路1：

只是想在它和辦法做到這一點可能是檢查的迭代結構中一個以上的補丁。爲了使總計數正確，下面的單元在擴張中必須等於2（或更多）。任何人都知道如何將這個想法變成代碼？

[1 1 1 1 0 0] 
[1 0 0 2 1 1] 
[1 0 0 2 0 1] 
[1 1 1 2 0 1] 
[0 0 0 1 1 1] 
[0 0 0 0 0 0] 

Answer 1

您可以使用label從ndimage到段的人的每個補丁。

然後你只需問哪裏返回數組等於1，2，3等，並在其上執行的algoritm（或者你只是使用ndimage.distance_transform_cdt但反轉的forground /背景每個標記段。

編輯1：

此代碼將您的陣列a，做什麼你問：

b, c = ndimage.label(a) 
e = numpy.zeros(a.shape) 
for i in xrange(c): 

    e += ndimage.distance_transform_cdt((b == i + 1) == 0) == 1 

print e 

我意識到這是一個有點難看，與所有的平等有但它輸出：

In [41]: print e 
[[ 1. 1. 1. 1. 0. 0.] 
[ 1. 0. 0. 2. 1. 1.] 
[ 1. 0. 0. 2. 0. 1.] 
[ 1. 1. 1. 2. 0. 1.] 
[ 0. 0. 0. 1. 1. 1.] 
[ 0. 0. 0. 0. 0. 0.]] 

編輯2（替代解決方案）：

此代碼應做同樣的東西，並希望更快（但它會不找到其中 兩個補丁只接觸角）。

b = ndimage.binary_closing(a) - a 
b = ndimage.binary_dilation(b.astype(bool)) 

c = ndimage.distance_transform_cdt(a == 0) == 1 

e = c.astype(numpy.int) * b + c 

print e