Python腳本在bash中工作，但不通過系統從R調用

我使用Ubuntu 16.04。我試圖從R運行一個簡單的Python腳本。腳本是Python腳本在bash中工作，但不通過系統從R調用

import numpy as np 
    x=1 
    print(x)

並寫入一個名爲code.py的文件中。如果我通過

python3.5 code.py

調用它在bash然而，當我通過

system("python3.5 code.py",intern=TRUE)

稱之爲R中我得到一個消息，指出numpy的沒有被發現，它工作正常。任何想法爲什麼有這種差異，我怎麼能解決這個問題？

謝謝！

UPDATE

如果我運行

 import sys 
    print(sys.path)

一個文件，我得到

 [1] "['/home/user/Desktop', '/usr/lib/python35.zip', '/usr/lib/python3.5', '/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu', '/usr/lib/python3.5/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.5/dist-packages', '/usr/lib/python3/dist-packages']"

如果我運行從R上的文件，並

['/home/user/Desktop', '/home/user/anaconda3/lib/python35.zip', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/plat-linux', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/lib-dynload', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/Sphinx-1.4.1-py3.5.egg', '/home/user/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/setuptools-23.0.0-py3.5.egg']

如果我從命令行運行該文件。

來源

2016-09-06 madness

將此添加到您的程序中，並查看它是否根據上下文產生不同的輸出：'import sys print（sys.path）' – RPGillespie

它表示Traceback（最近調用最後一次）：文件「test.py」，第4行，在中 import numpy as np ImportError：No module named'numpy' [1]「['/ home/user/Desktop'，'/usr/lib/python35.zip'，'/ usr/lib /python3.5'，'/usr/lib/python3.5/plat-x86_64-linux-gnu'，'/usr/lib/python3.5/lib-dynload'，'/ usr/local/lib/python3。 5/dist-packages'，'/ usr/lib/python3/dist-packages'] attr狀態1 – madness

用這兩行創建一個新的python文件。在R和命令行中運行並比較輸出。 – RPGillespie

問題是你的計算機上有兩個版本的python3：系統默認（Ubuntu，我假設）和你安裝的（Anaconda3）。

當您從命令行運行它時，您正在使用Anaconda3環境（其中包括numpy和所有其他anaconda模塊）。當你從R運行它時，它不知道使用Anaconda環境，所以它只是使用默認的Python路徑（不包括numpy）。

爲了解決這個問題，利用水蟒蟒調用你的python腳本在R，而不是系統中的一個：

system("/home/user/anaconda3/bin/python3 code.py",intern=TRUE)

或者，你可以在~/.bashrc添加/home/user/anaconda3/bin/您PATH環境變量，它選擇系統二進制文件中的anaconda。

來源

2016-09-08 15:47:12 RPGillespie

謝謝！我使用過系統（「/ home/user/anaconda3/bin/python3 code.py」，intern = TRUE），它起作用！ – madness

Python腳本在bash中工作，但不通過系統從R調用

回答

相關問題