將模塊的輸出從打印模式轉換爲寫入模式

我一直在嘗試使用twobitreader軟件包（http://pythonhosted.org//twobitreader/）來提取DNA序列信息，但是我遇到了一個問題。每當我使用twobitreader.twobit_reader（）模塊時，我只能獲得打印輸出。我想要做的是將輸出寫入一個新的文件。將模塊的輸出從打印模式轉換爲寫入模式

這是從http://pythonhosted.org//twobitreader/此模塊上的信息： twobit_reader花費（類TwoBitFile的）一個twobit_file和一個「INPUT_STREAM」，它可以是任何可迭代寫入輸出（FASTA格式），使用寫入（包括類文件對象）。（打印如果寫=無）記錄錯誤/警告到stderr

可能，我對python編程的知識有限，阻礙了我完成這項任務。

例如，這裏是一些代碼，我寫道：

def get_a(n): 
     """get sequences from genome""" 
     genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit') 
     bedfile = open(n+'.bed', 'r') 
     o_f = open(n+'_FASTA.txt', 'w') 
     twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile) 
     bedfile.close() 
     o_f.close()

這結束了打印我的序列。

如果我試圖將twobitreader行更改爲：twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile, o_f)，試圖將數據寫入文件o_f，我得到錯誤'file' object is not callable。

來源

2014-04-08 user3511825

嘗試：'twobitreader.twobit_reader（基因組，bedfile，o_f.write）' – Harpal

這工作，謝謝。 – user3511825

好的，我會寫一個答案 – Harpal

OP證實了這一工作：

twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile, o_f.write)

來源

2014-04-14 21:28:13 Harpal

將模塊的輸出從打印模式轉換爲寫入模式

回答

相關問題