2014-12-06 75 views
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(是的,我也將搜索askUbuntu論壇)。 問題:在升級之前,在Ubuntu14.04下,我剛剛安裝了默認的JRE和JDK,而R 3.0.2(該版本的默認版本)成功運行R CMD javareconf在ubuntu 14.10中的R 3.1.2和java7配置之間的衝突14.10

然而,由於升級到14.10,並驗證我有最新java7 JRE和JDK,試圖運行javareconf失敗,出現以下轉儲:

[email protected]:~$ sudo R CMD javareconf 
Java interpreter : /usr/bin/java 
Java version  : 1.7.0_65 
Java home path : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre 
Java compiler : /usr/bin/javac 
Java headers gen.: /usr/bin/javah 
Java archive tool: /usr/bin/jar 

trying to compile and link a JNI progam 
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include 
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/../include  -fpic -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o 
In file included from conftest.c:1:0: 
/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/../include/jni.h:39:19: fatal error: stdio.h: No such file or directory 
#include <stdio.h> 
       ^
compilation terminated. 
/usr/lib/R/etc/Makeconf:133: recipe for target 'conftest.o' failed 
make: *** [conftest.o] Error 1 
Unable to compile a JNI program 


JAVA_HOME  : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre 
Java library path: 
JNI cpp flags : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R 
Done. 

東西沒有安裝或沒有的地方「應該。我已經嘗試了類似問題列出的大多數技巧(做更新等),但到目前爲止,我還沒有發現一個問題,其中stdio.h文件丟失是錯誤消息。

回答

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我想我已經解決了這個情況:

基於從steeldriver我crossposting,我挖成軟件中心和增加了一些「附加」到gcc安裝註釋。我懷疑是否需要添加libc6-devgcc-multilib

與此相關的可能的利益誰想要安裝JGRR用戶:我必須安裝的libpng12-dev至少一個,libpng3libpng++dev拿到包png安裝(在R),這是需要JGR進行安裝。