rJava，mac 10.12.6和Java v 9（R版本3.4.1）問題

Question

我繼續在安裝和加載rJava時遇到問題。我有R 3.4.1（'Single Candle'）; Java v 9和mac OS 10.12.6。

我跟所有的使用終端來編輯我的〜/ .profile文件包含其中包括上市here步驟：

出口JAVA_HOME = $（在/ usr/libexec目錄/ JAVA_HOME -v 9）

出口PATH = $ JAVA_HOME/bin：$ PATH

並進行其他更改以將R連接到「正確的」Java。當我運行

須藤 - [R CMD javareconf

然而，我得到說的錯誤消息：

警告： 'JNI_CreateJavaVM' 被棄用 [-Wdeprecated-聲明] JNI_CreateJavaVM（0，0， 0）; ^ /System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers/jni.h:1937:1：注： 'JNI_CreateJavaVM' 已經被明確標記在這裏不推薦 JNI_CreateJavaVM（JavaVM的** PVM，無效** penv，無效*參數）; ^ 1生成警告。

當我運行

[R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz

一切順利，直到我得到一個錯誤，指出：

檢查JNI程序是否可以被編譯... configure：error：無法編譯簡單的JNI程序。有關詳細信息，請參閱config.log。

確保已安裝Java開發工具包並在R中正確註冊。 如果有疑問，請以root身份重新運行「R CMD javareconf」。

錯誤：配置從上面鏈接網站失敗包「rJava」

米哈爾好心建議，以確保「的/ usr/libexec目錄/ JAVA_HOME -v 9」「點」，以JDK和JRE沒有。我不知道如何做到這一點。此外，當我嘗試類似：

回聲$ JAVA_HOME

我得到：

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-9.jdk/Contents/Home

我怎麼知道這個JDK還是JRE？

由於我的錯誤消息，我認爲我有一個JNI問題，但我不知道如何去處理這個問題。任何有關使用Michal的教程可能出錯的任何見解都將不勝感激！

P.S.我原來的問題是在R，試圖加載庫（rJava），並得到這個錯誤：

錯誤：包或命名空間加載失敗「rJava」： .onLoad在loadNamespace（）爲「rJava」失敗，詳細信息： 電話：dyn。load（file，DLLpath = DLLpath，...） 錯誤：無法加載共享對象'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so'： dlopen /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so，6）：未加載庫：@ rpath/libjvm.dylib 引用自：/Library/Frameworks/R.framework /Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so 原因：找不到圖像

Answer 1

您可以執行以下操作來測試您的Java 9是否爲JDK。做以下：

> git clone https://github.com/mkowsiak/jnicookbook.git 
> cd jnicookbook/recipeNo001 
> export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 9) 
> export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH 
> make 
> make test 

如果你看到

Hello world! 

末，這意味着你的JDK可以編譯JNI代碼。現在，如果它正常工作，這意味着rJava仍在使用不正確的Java安裝（例如Apple的一個安裝）。在這種情況下，您需要查看rJava的錯誤日誌，以確定在那裏使用了什麼。

我希望這會幫助你至少一點點。