研究 - 從數據幀創建散點圖

Question

我有一個數據幀all看起來像這樣：

http://pastebin.com/Xc1HEYyH

現在我想創建與x軸的列標題的散點圖並將各個值作爲數據點。例如：

7|     x 
6|   x  x 
5| x  x  x  x  
4| x  x   x 
3|        x  x 
2|        x  x 
1| 
--------------------------------------- 
    STM STM STM PIC PIC PIC 
    cold normal hot cold normal hot 

這應該很容易，但我不知道如何。

問候

Answer 1

的基本想法，如果你想使用哈德利的ggplot2是讓你的表格的數據繪製：

 x   y 
col_names  values 

而這可以通過使用哈德利的reshape2melt函數來完成。做?melt看看可能的參數。然而，在這裏，因爲我們要融化了整個data.frame，我們只需要，

melt(all) 
# this gives the data in format: 
# variable value 
# 1 STM_cold 6.0 
# 2 STM_cold 6.0 
# 3 STM_cold 5.9 
# 4 STM_cold 6.1 
# 5 STM_cold 5.5 
# 6 STM_cold 5.6 

這裏，x會再列variable和y將相應value列。

require(ggplot2) 
require(reshape2) 
ggplot(data = melt(all), aes(x=variable, y=value)) + 
      geom_point(aes(colour=variable)) 

如果你不希望的顏色，那麼就刪除aes(colour=variable)內geom_point，使之成爲geom_point()。

編輯：我也許應該提到這裏，你還可以用geom_jitter取代geom_point這會給你，好了，抖動點：

Answer 2

這裏有兩個要考慮的選項。第一種使用dotplot從 「格子」 包：

library(lattice) 
dotplot(values ~ ind, data = stack(all)) 

第二使用從基礎R的 「圖形」 選項dotchart。要使用dotchart功能，你需要用你的data.frame在as.matrix：

dotchart(as.matrix(all), labels = "") 

注意，在這個圖形的點不「抖動」，而是在他們錄製的順序呈現。也就是說，最低點是第一條記錄，最高點是最後一條記錄。如果你放大這個例子的情節，你會看到你有16條非常模糊的水平線。每行代表每列中的一行。因此，如果您查看「STM_cold」或任何其他具有NA值的變量的點，則會在頂部看到幾行空白行，但沒有可用的數據。

這樣做有其優點，因爲如果按時間順序記錄這些值，它可能會隨時間顯示一個趨勢，但是如果源數據框中的行數太多，也可能是一個缺點。

Answer 3

的使用基R圖形只是爲了好玩手動版本的位。

獲取數據：

test <- read.table(text="STM_cold STM_normal STM_hot PIC_cold PIC_normal PIC_hot 
6.0 6.6 6.3 0.9 1.9 3.2 
6.0 6.6 6.5 1.0 2.0 3.2 
5.9 6.7 6.5 0.3 1.8 3.2 
6.1 6.8 6.6 0.2 1.8 3.8 
5.5 6.7 6.2 0.5 1.9 3.3 
5.6 6.5 6.5 0.2 1.9 3.5 
5.4 6.8 6.5 0.2 1.8 3.7 
5.3 6.5 6.2 0.2 2.0 3.5 
5.3 6.7 6.5 0.1 1.7 3.6 
5.7 6.7 6.5 0.3 1.7 3.6 
NA NA NA 0.1 1.8 3.8 
NA NA NA 0.2 2.1 4.1 
NA NA NA 0.2 1.8 3.3 
NA NA NA 0.8 1.7 3.5 
NA NA NA 1.7 1.6 4.0 
NA NA NA 0.1 1.7 3.7",header=TRUE) 

設置的基本情節：

plot(
    NA, 
    ylim=c(0,max(test,na.rm=TRUE)+0.3), 
    xlim=c(1-0.1,ncol(test)+0.1), 
    xaxt="n", 
    ann=FALSE, 
    panel.first=grid() 
    ) 

axis(1,at=seq_along(test),labels=names(test),lwd=0,lwd.ticks=1) 

情節一些點，一些x軸jitter荷蘭國際集團，使他們沒有印在彼此的頂部。

invisible(
    mapply(
     points, 
     jitter(rep(seq_along(test),each=nrow(test))), 
     unlist(test), 
     col=rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     pch=19 
     ) 
) 

結果：

編輯

下面是使用上的點Alpha透明度和與阿難在下面的評論中討論擺脫jitter的例子。

invisible(
    mapply(
     points, 
     rep(seq_along(test),each=nrow(test)), 
     unlist(test), 
     col=rgb(0,0,0,0.1), 
     pch=15, 
     cex=3 
     ) 
)