系統commant將無法在shell中調用Ubuntu上的Python命令時使用R

我試圖在R中調用一個系統命令來調用對python腳本（包括導入到pandas）的調用，如下所示：系統commant將無法在shell中調用Ubuntu上的Python命令時使用R

getwd() 
[1] "/home/production" 
> system("python In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py") 
Traceback (most recent call last): 
    File "In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py", line 11, in <module> 
    import pandas as pd 
ImportError: No module named pandas

在connect_to_couchbase.py我打電話大熊貓，這是不被認可，雖然當我從我的機器這個確切的命令shell：

[email protected]:~$ python In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py 
[email protected]:~$

它的偉大工程，任何集成開發環境爲什麼system ISN不爲我工作？

在此先感謝！

來源

2016-06-29 Yehoshaphat Schellekens

您是否完全確定在您通過R調用時使用的'python'與您在終端中使用的'python'相同？請注意，'PATH'變量可能不同。嘗試從R運行命令'哪個python' – Bakuriu

它不是！我怎樣才能將系統從'/ usr/bin/python'設置爲'/ anaconda2/bin/python'？ –

最簡單的方法是使用完整的路徑，所以'/ anaconda2/bin/python In_tag_main_model/...'。我不是R用戶，但是['system']（https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/system.html）函數的頁面表示更新程序應該使用['system2']（https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/system2.html），我可以看到第二個函數有'env'參數，您可以在其中設置PATH，以便/ anaconda2/bin目錄搜索可執行文件。 – Bakuriu

它看起來像R system函數正在執行一個不同的python可執行文件。您有三個選項來指定你想要的可執行文件：

您的絕對路徑：

system("/anaconda2/bin/python In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py")

通過Sys.setenv設置PATH變量的過程（如您已完成）：

Sys.setenv(PATH="/anaconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bi‌n:/sbin:/bin:/usr/games") 
system("python In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py")

使用較新的system2函數，該函數提供env參數，該參數可以b Ë用於修改環境變量的子：

system2("python", 
     args="In_tag_main_model/python_scripts/connect_to_couchbase.py", 
     env="PATH=/anaconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bi‌n:/sbin:/bin:/usr/games")

注意system2比system不同的調用約定。

來源

2016-06-29 09:50:15 Bakuriu

謝謝！節省了我噸的時間:) –

系統commant將無法在shell中調用Ubuntu上的Python命令時使用R

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