交互相關矩陣

我想繪製相關矩陣，它應該是交互式的，並在ggplot2或plot_ly中顯示相關值和相應的p值。交互相關矩陣

我試過下面的代碼。

library(ggplot2) 
    library(plotly) 
    library(reshape) 
    library(Hmisc) 

    x <- Seatbelts 
    y <- as.matrix(x) 
    rt <- rcorr(y) 
    mtlr <- melt(rt$r) 
    mtlp <- melt(rt$P) 
    gx <- ggplot(mtl, aes(X1, X2, fill = value)) + geom_tile() + 
     scale_fill_gradient(low = "cyan", high = "red") 
    ggplotly(gx)

我想在同一圖表中顯示「mtlp」值。

任何人都可以幫忙嗎？

來源

2017-03-10 ammar khalil

作爲第一個步驟中，您可以嘗試兩個data.frames合併'mtlr'and 'mtlp'合爲一體。在包'dplyr'中查找'merge（）'函數或'_join（）'函數。 – ottlngr

它不是合併值的問題。 rt < - rcorr（y）已包含兩個數據幀。問題是當我將光標懸停在單個單元格中時，我可以如何調用這兩個值（相關性和p值）。 –

您可以將您的p值作爲label或text添加，然後將顯示在您的文本中。

library(ggplot2) 
library(plotly) 
library(reshape) 
library(Hmisc) 

x <- Seatbelts 
y <- as.matrix(x) 
rt <- rcorr(y) 
mtlr <- melt(rt$r) 
mtlp <- melt(rt$P) 
p.value <- mtlp$value 
gx <- ggplot(mtlr, aes(X1, X2, fill = value, label=p.value)) + geom_tile() + 
    scale_fill_gradient(low = "cyan", high = "red") 
ggplotly(gx)

來源

2017-03-10 13:18:03

謝謝。你解決了我的問題。我只是修改了一下，得到了一個更好的結果。 –

最簡單的方法是將兩個熔化的data.frames合併到一起，然後使用text審美添加到工具提示。

我重新做了使用reshape2（而不是reshape）與設定值的名稱，使合併的熔體容易

mtlr <- melt(rt$r, value.name = "Correlation") 
mtlp <- melt(rt$P, value.name = "P-Value") 

mtl <- 
    merge(mtlr, mtlp)

然後，使情節 - 請注意，你可以使用任何你想要的text審美，我經常用它來改變工具提示的佈局/演示文稿（然後只顯示text提示）

gx <- 
    ggplot(mtl 
     , aes(Var1, Var2 
       , fill = Correlation 
       , text = paste("P-val = ", round(`P-Value`, 4)))) + 
    geom_tile() + 
    scale_fill_gradient(low = "cyan", high = "red") 
ggplotly(gx)

來源

2017-03-10 13:19:15

交互相關矩陣

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