從蟒蛇

調用AWK我想從Python中調用一個awk命令行腳本：從蟒蛇

os.system('''awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\n"} {a[$1]=a[$1] OFS $2 FS $3 FS $4} END{for (i in a) {print i a[i]}}' 2_lcsorted.txt > 2_locus_2.txt''')

它提供了以下錯誤：

awk: cmd. line:1: BEGIN{FS=" ";OFS=" 
awk: cmd. line:1:     ^unterminated string 
awk: cmd. line:1: BEGIN{FS=" ";OFS=" 
awk: cmd. line:1:     ^syntax error 
256

當我使用子使用subprocess.call，另一種錯誤彈出：

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 493, in call 
    return Popen(*popenargs, **kwargs).wait() 
    File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 679, in __init__ 
    errread, errwrite) 
    File "/usr/lib64/python2.7/subprocess.py", line 1249, in _execute_child 
    raise child_exception 
OSError: [Errno 2] No such file or directory

它運行在shell罰款和所有我想要做的是所有步驟結合在一個單一的蟒蛇小號cript，並且由於某些明顯的原因，awk對於某些處理步驟更好。有人可以向我解釋這些錯誤的原因嗎？

來源

2013-03-07 WYSIWYG

它在'''之前用'r'做什麼？（即'r'''awk'BEGIN {FS =「\ t」; OFS =「\ n」} {...'（'\ n'被解釋得太早了一步） – 2013-03-07 19:32:43

你究竟在幹什麼試圖完成？我可以看到'awk'運行一個預先寫好的'awk'腳本，但是爲什麼用一個硬編碼的腳本調用awk，當你可以在Python中做同樣的事情時呢？ – chepner 2013-03-07 19:38:57

@chepner ..我首選awk，因爲我不知道python是否可以在流輸入上工作..它只是我相信解析在awk中更快 – WYSIWYG 2013-03-08 12:41:00

剛剛添加，你可能會更好使用PyAwk：pyawk.sourceforge.net 另外，如果你使用子進程，問題是你的命令應該被拆分。看到，子進程和os.system有點不同。子程序要求cmd是一個字符串，而不是一個列表。例如，

`os.system('''awk 'BEGIN {FS="\t";OFS="\n"} {a[$1]=a[$1] OFS $2 FS $3 FS $4} 
END {for (i in a) {print i a[i]}}' 2_lcsorted.txt > 2_locus_2.txt''')`

Shoudn't是

`subprocess.call('''awk 'BEGIN {FS="\t";OFS="\n"} {a[$1]=a[$1] OFS $2 FS $3 FS $4} 
END {for (i in a) {print i a[i]}}' 2_lcsorted.txt > 2_locus_2.txt''')`

這是行不通的。如果給子進程提供一個字符串，它會假定這是要執行的命令的路徑。該命令需要是一個列表。查看www.gossamer-threads.com/lists/python/python/724330。另外，由於您使用的是文件重定向，因此您應該使用

`subprocess.call(cmd, shell=True)`

來源

2013-03-07 20:31:03 refi64

你不想Python的字符串餵養system前\n轉換爲換行符（或\t製表）。按照jwpat7的建議使用r"""...."""。另一種可能性是在字符串中寫入類似... OFS="\\n" ...的內容。

來源

2013-03-07 19:34:40 oseiskar

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