如何使用ggplot2增加整個圖的寬度R

Question

我一直在使用ggplot2來繪製一張圖，它看起來像一個熱圖，最右邊的最上面的行和列分別顯示了它的元素總和。然而，這是一個巨大的數據集，所有的「總和」數字都被壓縮到這個數據集中，沒有明確的數據。我想擴大劇情，使標籤看起來可讀。這是我的代碼到目前爲止。

mat <- read.csv("trial.csv",sep = ",", header=T, row.names=1) 
vec <- as.vector(as.matrix(mat)) 
varieties = names(mat) 
matVar = matrix(vec, ncol = length(varieties), nrow = length(attr(mat, "row.names"))) 
library(ggplot2) 
require(reshape2) 
library(grid) 
require(grid) 
mat$id <- rownames(mat) 
gg <- melt(mat) 
#mat$id <- reorder(mat$id) 
#gg$id<-factor(gg$id) 
gg$id <- as.character(gg$id) 
gg$id <- factor(gg$id, levels=rev(unique(gg$id))) 
ggplot(gg, aes(y=variable,x=id))+ 
    geom_tile(aes(fill=value))+ 
    scale_fill_gradient(low="red",high="white")+ 
    geom_text(aes(label=value), data=cbind(aggregate(value~variable, gg, sum), id="total")) + 
    geom_text(aes(label=value),data=cbind(aggregate(value~id, gg, sum), variable="total")) + 
    theme(axis.text.x = element_blank())+ 
    scale_y_discrete(limits=c(levels(gg$variable), "total"))+ 
    scale_x_discrete(limits=c(levels(gg$id), "total"))+ 
    coord_flip()+labs(y = "Patients", x= "Genes") 

這裏是示例數據，但我的實際數據集非常龐大。

h1, h2, h3, h4, h5, h6, h7, h8, h9 
a, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 1 
b, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0 
c, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1 
d, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0 
e, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0 
f, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0 
g, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 
h, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0 

這是輸出

Answer 1

嘗試例如指定您的圖形裝置的尺寸

pdf(file="plot.pdf",width=11,height=8) 

PDF使用尺寸給出英寸，而PNG以像素爲單位，所以您可能還需要例如指定分辨率

png(file="animals45.png",width=400,height=350,res=45) 

更多信息，請參閱：

• http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/grDevices/html/pdf.html
• http://blog.revolutionanalytics.com/2009/01/10-tips-for-making-your-r-graphics-look-their-best.html

Answer 2

這裏有一種方法，雖然這是一個黑客攻擊的一位。由於您使用的是因素，並且您已關閉水平軸，因此您可以在scale_y_discrete(...)中添加額外的標籤。

ggplot(gg, aes(y=variable,x=id))+ 
    geom_tile(aes(fill=value))+ 
    scale_fill_gradient(low="red",high="white")+ 
    geom_text(aes(label=value), data=cbind(aggregate(value~variable, gg, sum), id="total")) + 
    geom_text(aes(label=123456789*value),data=cbind(aggregate(value~id, gg, sum), variable="total"),hjust=0) + 
    theme(axis.text.x = element_blank())+ 
    scale_y_discrete(limits=c(levels(gg$variable), "total","",""))+ 
    scale_x_discrete(limits=c(levels(gg$id), "total"))+ 
    coord_flip()+labs(y = "Patients", x= "Genes")