殼來解決輸出問題 - 連接和文件讀取問題

我有一個快速的問題 - 我試圖解決一個文件系列的輸出已被更改的問題。殼來解決輸出問題 - 連接和文件讀取問題

輸出應該看起來像：

>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT 
AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBWAAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG

但顯示爲：

>Tests HadI-sdds1:4134:AAABBBBB:1:1101:6635:2407_2:N:0:TTTTTT 
AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDFGDCCVBW 
AAAABBBBBEEEECCCCERTTSFASFASFDSGFSDGGSFGFSG

我寫了下面的代碼，試圖修復它，但線16自然會返回一個空字符串，但是，當我做回聲沒有放入一個變種，我得到完整的一行。

#!/bin/sh 
FILENAME=$1 
OUTPUT=$2 
set LineToWrite='' 

while read LINE 
do 
if [ `echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,1)}'` == ">" ] 
    then 
     echo "$LineToWrite" >> $OUTPUT 
     echo "$LINE" >> $OUTPUT 
     set LineToWrite='' 
    else 
     set currLine=`echo "$LINE" | awk '{print substr($0,1,70)}'` 
     set LineToWrite+=$currLine 
fi 
done <$FILENAME

任何想法來解決我的問題？（該文件包含> 100萬行）

非常感謝！

來源

2012-10-07 user1726747

問題是在'W A ...'之間的第三行中有1個空格，並且您想要刪除它嗎？以'>'字符開頭的數據行？是否真的有換行符嵌入到記錄中？如果不是，最好編輯您的示例數據，以便說明每條記錄出現在上面一行上的問題。 awk程序可以處理所有這些，但是你的描述太難遵循了，祝你好運 – shellter

這是第2行（由W結尾）和3（由A開始）之間的換行符，它僅僅是不能正確顯示示例的stackoverflow 。每個第一行應該以「>」開始並且不應該被改變。 – user1726747

沒有必要使用awk來測試字符串是否開始'>'：'if test「$ LINE」！ =「$ {LINE＃>}」;那麼......' –

三兩件事：

沒有空間讓按鍵之間的外殼&值
上的所有變量
沒有必要貓文件中使用更多的報價|同時：使用while <condition>; do ...; done < FILE

使用更多的報價！他們至關重要。請參閱http://mywiki.wooledge.org/Quotes和http://wiki.bash-hackers.org/syntax/words和http://wiki.bash-hackers.org/syntax/words

來源

2012-10-07 13:38:00

嗨Sputnick，我已經更新，因爲你所描述的，但仍然沒有變化：/ ＃！/ bin/sh的 FILENAME = $ 1 OUTPUT = $ 16 集LineToWrite = '' \t \t \t 而讀線做如果['回聲$線| AWK '{打印SUBSTR（$ 0,1,1）}''== 「>」] \t然後 \t \t回波$ LineToWrite >> $ OUTPUT \t \t \t回波$ LINE >> $ OUTPUT \t \t \t集LineToWrite ='' \t \t else \t \t \t set currLine ='echo $ LINE | AWK '{打印SUBSTR（0,70,1 $）}'' \t \t \t集LineToWrite + = $ currLine 網絡完成<$ FILENAME – user1726747

這是無法讀取，更新原來的職位，謝謝。 –

人造地球衛星，這就是我所做的:) – user1726747

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